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Re: [問題] 想找那些蛋白質有特定的motif

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (cot)時間16年前 (2008/06/03 23:02), 編輯推噓6(6推 0噓 9→)
留言15則, 4人參與, 最新討論串2/4 (看更多)
※ 引述《HAVEaCAT (有隻貓)》之銘言： : 就是... 如果我知道一段 短短的motif 只有4個胺基酸 : 不過其中2個胺基酸是隨機的 例如 XTXV (X是都可以的氨基酸) : 我本來想利用blast找 可是發現好像不能這樣用 : 那我還有甚麼方法可以 在database中 尋找所有帶有這一小段motif的蛋白質呢?? : 會有motif太短 找不到的問題嗎 : 麻煩大家了 謝謝:) 可以試試EMBOSS裡面的fuzzpro http://www.bioinfo.hku.hk/EMBOSS/ 在左邊選單的protein motifs這一個分類下 貼上sequences 把pattern也打上 如你的情況就是 XTXV pattern怎麼寫請參照說明文件 http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=manual&_app=fuzzpro submit就可以等結果了 另外也可以使用一些支援regular expression的工具 也是蠻適合的 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 219.80.34.223
推
06/03 23:06, , 1F
棒，要是我只會自己寫..囧
06/03 23:06, 1F
推
06/03 23:06, , 2F
自己寫才是王道 ^^
06/03 23:06, 2F
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06/03 23:07, , 3F
我好像會錯意了 @_@ 我以為是要搜尋幾條sequences
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06/03 23:08, , 4F
那這樣可能需要自己準備好database做input
06/03 23:08, 4F
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06/03 23:09, , 5F
^當做input
06/03 23:09, 5F
推
06/03 23:11, , 6F
沒有，有時候用別人的東西省事又不會錯 =(
06/03 23:11, 6F
推
06/03 23:26, , 7F
謝謝你們 可是我沒有sequences耶 我以為會自動連到NCBI或
06/03 23:26, 7F
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06/03 23:27, , 8F
ExPASy 這種的database 讓他search
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06/03 23:27, , 9F
所以要自己把sequence一次一次貼上去囉??
06/03 23:27, 9F
推
06/03 23:31, , 10F
06/03 23:31, 10F
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06/03 23:33, , 11F
右半部那個 把pattern打進去 選好database 開始scan
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06/03 23:39, , 12F
嗯嗯 用prosite好 :D
06/03 23:39, 12F
推
06/03 23:40, , 13F
挖~謝謝你 prosite這個很棒 不過真的找到好多
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06/03 23:41, , 14F
已經有把搜尋限制在 Homo sapiens 不過還是太多@@
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06/03 23:45, , 15F
That's expected :)
06/03 23:45, 15F
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