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討論串[工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree

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[工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree

推噓0(0推 )留言0則，0人參與作者afra33 (豆豆)時間16年前 (2008/06/10 00:01)資訊

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現在手上已經有distance matrix了. 不知道有沒有什麼程式可以從distance matrix. 去做出phylogeny tree?. 我試過phylip的 NEIGHBOR. 不過...她的結果我覺得有點奇怪，. (更重要的是他的output很醜....). 因為不常用phylip目

Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree

推噓2(2推 )留言7則，0人參與作者starcloud (傷心嗎?)時間16年前 (2008/06/10 03:11)資訊

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MATLAB 是很好用的數學工具. 他有許多Cluster的方法. 你可以試試看用 hierarchical clustering. 來處理. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc). ◆ From: 140.114.214.30.

Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree

推噓4(4推 )留言5則，0人參與作者auymle (.....)時間16年前 (2008/06/10 11:42)資訊

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我介紹一個工具好了. 是中研院統計所老師所開發出來的工具. 叫做GAP (Generalized Associated Plots). 網址在這http://gap.stat.sinica.edu.tw/Software/GAP/. 雖然還只是beta版本. 但是該有的功能都有了. 雖然還有一些不人

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Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree

推噓3(3推 )留言12則，0人參與作者auymle (.....)時間16年前 (2008/06/10 14:01)資訊

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我介紹的這個軟體主要是用來做clustering的visualization. 剛剛又稍微看了一下你的問題. 發現我介紹的這個工具好像不是很符合你的需求. 如果只是純粹要從pairwise distance matrix. 畫phylogeneitc tree的話. 其實還真的有很多工具. 剛剛看到

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Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree

推噓0(0推 )留言0則，0人參與作者fc01時間16年前 (2008/06/12 12:02)資訊

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如果不想花錢的話可以用MEGA4(但是免費軟體目前大多數paper還是以phylip為主流）. 如果願意花１００美金的話.那乾脆去弄一套PAUP.... 何謂結果奇怪,也許是你有東西設錯? phylip輸出的結果除了output外應該還有一個outtree檔案. 該檔案的內容是向量格式(用記事本打開

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