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討論串[工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
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#7
Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者afra33 (豆豆)時間17年前 (2008/06/12 15:35), 編輯資訊
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果然mega很強押. 經過f大的提醒. 我努力的又試了一次. 發現原來mega就可以解決我的問題呢^^P. (不過她的檔案格式還真的是很奇怪. help也是寫的有點超過我的理解能耐 :P. 所以我之前誤會mega不能處理). 這樣一來豆豆就可以很開心的回歸到mega的懷抱了. ^^P. 圓滿解決.
#6
Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者afra33 (豆豆)時間17年前 (2008/06/12 14:19), 編輯資訊
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MEGA4有這個功能歐！. 我本來就是使用mega4. 可是我沒找到這個功能 ><". 請問是在哪邊呢？. ^^P 話說...這也不一定要有錢才有:P. 恩 應該是說 ，. 因為我不太熟phylip. 我直接用人家寫在網頁上的server跑. 所以不懂得怎麼改她的參數. 因此覺得結果怪也無法更改.
(還有9個字)
#5
Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者fc01時間17年前 (2008/06/12 12:02), 編輯資訊
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如果不想花錢的話可以用MEGA4(但是免費軟體目前大多數paper還是以phylip為主流）. 如果願意花１００美金的話.那乾脆去弄一套PAUP.... 何謂結果奇怪,也許是你有東西設錯? phylip輸出的結果除了output外應該還有一個outtree檔案. 該檔案的內容是向量格式(用記事本打開
#4
Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
推噓3(3推 0噓 9→)留言12則，0人參與, 最新作者auymle (.....)時間17年前 (2008/06/10 14:01), 編輯資訊
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我介紹的這個軟體主要是用來做clustering的visualization. 剛剛又稍微看了一下你的問題. 發現我介紹的這個工具好像不是很符合你的需求. 如果只是純粹要從pairwise distance matrix. 畫phylogeneitc tree的話. 其實還真的有很多工具. 剛剛看到
(還有74個字)
#3
Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
推噓4(4推 0噓 1→)留言5則，0人參與, 最新作者auymle (.....)時間17年前 (2008/06/10 11:42), 編輯資訊
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我介紹一個工具好了. 是中研院統計所老師所開發出來的工具. 叫做GAP (Generalized Associated Plots). 網址在這http://gap.stat.sinica.edu.tw/Software/GAP/. 雖然還只是beta版本. 但是該有的功能都有了. 雖然還有一些不人
(還有49個字)
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