Re: [工具] 有沒有程式可以從distance matrix作tree
※ 引述《starcloud (傷心嗎?)》之銘言：
: ※ 引述《afra33 (豆豆)》之銘言：
: : 現在手上已經有distance matrix了
: : 不知道有沒有什麼程式可以從distance matrix
: : 去做出phylogeny tree?
: : 我試過phylip的 NEIGHBOR
: : 不過...她的結果我覺得有點奇怪，
: : (更重要的是他的output很醜....)
: : 因為不常用phylip目前還不知道是什麼問題
: : 想請問各位大大
: : 除了neighbor之外還有沒有什麼程式可以做呢？
: MATLAB 是很好用的數學工具
: 他有許多Cluster的方法
: 你可以試試看用 hierarchical clustering
: 來處理
我介紹一個工具好了
是中研院統計所老師所開發出來的工具
叫做GAP (Generalized Associated Plots)
網址在這http://gap.stat.sinica.edu.tw/Software/GAP/
雖然還只是beta版本
但是該有的功能都有了
雖然還有一些不人性化的地方
例如檔案輸出的部分還沒有很好
所以我圖大部分都是用print screen的方式弄出來
如果不知道該怎麼用
或者出來的圖不知道怎麼解讀的話
可以再問我
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