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討論串[程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式
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#1
[程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式
推噓1(1推 0噓 1→)留言2則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/12/02 16:39), 編輯資訊
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我已經下載R的套件(包含cluster),並且已經安裝設定. 但是我想知道cluster這個套件所接受的輸入格式是什麼,ex: fasta格式還是其他的?. 所以想請問大家cluster這個套件,他所接受的input format是?. 此外,下面網址是關於(R)cluster文章,但是裡面沒提到它
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#2
Re: [程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式
推噓2(2推 0噓 13→)留言15則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/12/02 22:01), 編輯資訊
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我目前的作法是將1)輸入fasta檔案到clustalw,2)做Multiple Alignments產生guide tree file(*.dnd),. 3)使用Phylogenetic trees這個選項輸出tree的格式(Toggle Phylip format tree output),產出
#3
Re: [程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式
推噓2(2推 0噓 8→)留言10則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間16年前 (2008/12/03 13:35), 編輯資訊
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我現在手上有一堆hexamer(6nt)序列,根據以下的步驟做cluster. 1). 先用clustalw做Multiple Alignments得到每個序列alignment的結果. ex:. AATCCA ------AATCCA-. ATCCAA -------ATCCAA. AAATCC
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#4
Re: [程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式
推噓1(1推 0噓 8→)留言9則，0人參與, 最新作者hgsfhevil (evil)時間15年前 (2009/05/05 15:07), 編輯資訊
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我已經會使用R-cluster,請問大家,如何讓結果輸出. 以下是我輸入的指令,. mydata <- read.table("test.matrix", header=T, sep="\t", row.names=1). mydata <- na.omit(mydata). mydata <- s
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