Re: [程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式
我現在手上有一堆hexamer(6nt)序列,根據以下的步驟做cluster
1)
先用clustalw做Multiple Alignments得到每個序列alignment的結果
ex:
AATCCA ------AATCCA-
ATCCAA -------ATCCAA
AAATCC -----AAATCC--
AATACG ------AATACG-
2)
根據1)的結果,2.1)將每一個hexamer與其他hexamer(包含自己)的mismatch和shift去計算他的dissmilarity distance,做出dissimilarity matrix
ex:
TCCGGA-
-CCAGAT
的dissmilarity distanc是2(1 mismatch+1 shift)
3)
將將每一個dissimilarity matrix去做average linkage hierarchical clustering
抱歉,剛剛才把paper所說的東西串接起來
所以要給R-cluster的輸入檔案是dissimilarity matrix的數據資料,所以我要把他整理成csv格式?
但是之後的指令要如何下? ~"~不知道大家知道嗎?
ps:
我對R很陌生,也不太懂,我先為之前不清楚的問題道歉,請大家耐心的指教
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