Re: [程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式
※ 引述《hgsfhevil (evil)》之銘言：
: 標題: [程式] 關於R-cluster的input file 所接受的格式
: 時間: Tue Dec 2 16:39:25 2008
:
: 我已經下載R的套件(包含cluster),並且已經安裝設定
: 但是我想知道cluster這個套件所接受的輸入格式是什麼,ex: fasta格式還是其他的?
: 所以想請問大家cluster這個套件,他所接受的input format是?
:
: 此外,下面網址是關於(R)cluster文章,但是裡面沒提到它input format,我也用過help.search("cluster"),裡面也沒提到,所以上來問一下大家
: http://www.statmethods.net/advstats/cluster.html
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: ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
: ◆ From: 140.138.155.193
: 推 auymle:這支是做hierarchical clustering的耶, 不是做seq cluster 12/02 16:56
: → auymle:所以input是數值資料, 不是序列資料 12/02 16:57
我目前的作法是將1)輸入fasta檔案到clustalw,2)做Multiple Alignments產生guide tree file(*.dnd),
3)使用Phylogenetic trees這個選項輸出tree的格式(Toggle Phylip format tree output),產出*.ph
4)之後將*.ph輸入到phyloDraw產生圖檔
不過我大概知道如何做
謝謝你
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.138.155.182
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12/02 23:25, , 1F
12/02 23:25, 1F
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12/02 23:29, , 2F
12/02 23:29, 2F
推
12/03 00:18, , 3F
12/03 00:18, 3F
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12/03 00:18, , 4F
12/03 00:18, 4F
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12/03 00:20, , 5F
12/03 00:20, 5F
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12/03 00:20, , 6F
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12/03 11:21, , 7F
12/03 11:21, 7F
推
12/03 11:22, , 8F
12/03 11:22, 8F
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12/03 11:54, , 9F
12/03 11:54, 9F
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12/03 11:55, , 10F
12/03 11:55, 10F
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12/03 11:56, , 11F
12/03 11:56, 11F
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12/03 12:48, , 12F
12/03 12:48, 12F
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12/03 12:51, , 13F
12/03 12:51, 13F
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12/03 12:52, , 14F
12/03 12:52, 14F
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12/03 12:53, , 15F
12/03 12:53, 15F
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完整討論串 (本文為第 2 之 4 篇)：
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