Re: 關於full-length cDNA

看板Biotech (生命科學)作者Lipaty (Every story has its end)時間20年前 (2005/02/19 23:40)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《alfa156 ()》之銘言： : 做過功課了ㄒ.ㄒ : 但是似乎還是一知半解 : cDNA library 與 full-length cDNA library的差異究竟在哪呢 : 又或者是cDNA與full-length cDNA的差異? : 我以為應該是相同的吧不是都從mRNA反轉錄過來的嗎?! : 不好意思因為本身念的是與生科完全不相關的科系 orz : 叨擾了關於這個問題我們可以從字面上作回答 1. 什麼是library? 2. 全長cDNA (full-length cDNA) 的定義是什麼? 首先library的意義應該是很清楚的，就是數以萬計不同的序列經過分子生物學技術連接到同一個vector上所形成的"plasmids pool" 這樣就是一個library，依照vector本身特性的不同而可有不同用途依照接上vector的序列本身特性的不同 (可以是 cDNA, random restriction digested fragments, or EST) 可以給予library一個名字: 某某library 把一大群不同的cDNA連接到某個vector上，就是cDNA library [定義full-length cDNA] 基因的轉錄物是所謂的mRNA，以前的觀念是one gene one protein (當然這觀念現在知道是錯的) 最早full-length cDNA這個名詞出現的時候，定義是比較淺薄的它可以只是一個蛋白質的基因序列，從ATG開始到stop codon結束這樣就是一個最簡單的"full-length"---可以轉譯出一個完整的functional protein 亦即一個完整的open reading frame (ORF) 然而，transcription的產物並不會只具有open reading frame 實際上一個轉錄物(transcript,或直接稱作mRNA)會包含5'-和3'-的UTR 這兩個untranslated region將會造成這一條transcript各種特性的不同包括半生期(亦即stability),轉譯活性的高低(即表現量的多寡)...等所以UTR的重要性不可忽視，我們不能只注重ORF而不去理會UTR 於是乎所謂的full-length必須有更精確的定義，他必須具有完整的 UTR以及當中的ORF，這樣的序列才保有所有的特性，並且真正是存在於細胞內的 (你不會再細胞內看到沒有UTR只有ORF的mRNA吧) 將這樣的mRNA純化，並作出第一股cDNA 這樣得到的產物就是"full-length cDNA" [既然如此理應當所有的cDNA都是full-length的吧?] 當然不是，因為我們純化mRNA的時候拿到的產物會是一大群mixture，裡頭會包含: a. 含有3'-poly(A)也有5'-CAP的 b. 僅有3'-poly(A)以及up stream sequence(可能只是部分的的ORF) c. 僅有5'-CAP以及down stream sequence(可能只是部分的的ORF) d. 僅含有部分的ORF . . . 等 mRNA在細胞質裡頭會斷裂成各式各樣的片段，純化的過程也可能造成斷裂最後純化出來的mixture裡頭，僅有a.項是full-length mRNA 其他都不是全長，而(好像)叫做expression tag(EST) <------這個我不是很懂所以要做出full-length cDNA library，你必須先去除非a.以外的其他雜項這是需要良好的分生技術的最後經由純化出來full-length mRNA做出來的就是full-length cDNA 以及所謂的"full-length cDNA library" 講完了 -- 常用數學符號資料庫：＋－×÷±⊕＝≒≠≡≡＜＞≦≧ ∴∵∫∮∩∪㏑㏒√→∞∠△° ⅠⅡⅢⅣⅤⅥⅦⅧⅨⅩ ΑΒΓΔΕΖΗΘΙΚΛΜΝΞΟΠΡΣΤΥΦΧΨΩ αβγδεζηθικλμνξοπρστυφχψω(歡迎多多提供) -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 218.167.52.91 ※ 編輯: Lipaty 來自: 218.167.52.91 (02/20 02:16)