Re: [問題] Microarray產生的資料及其相關問題

看板Biotech (生命科學)作者soom.時間20年前 (2005/08/23 18:04)推噓2(2推 0噓 0→)

留言2則, 2人參與討論串1/1

※ 引述《Ecnar.bbs@ptt.cc (第一科)》之銘言： (請原諒我沒有按照你的問題順序回答..) 掃出來以後的原始圖檔，通常會進一步用影像分析軟體轉成存有表現值的文字檔然後再進行往後的數據分析，affymetrix的平台好像會直接掃完後就存成.CEL檔至於cDNA array則是可以利用GenePix(商用)、ScanAlyze(免費)等軟體處理後一樣也是會轉出存有表現值的文字檔下一步的數據分析就用 R (這是免費的統計程式語言)、GeneSpring等軟體去做這裡就不贅述了通常做 Microarray對實驗室來講都是一個沉重的經濟負擔，所以如果能想辦法得到別人在差不多條件下已經完成的實驗結果，就可以節省自己的實驗經費，並增加樣本容量。但是問題來了，光是把sample來源、實驗的操作步驟等資料公佈，也許你公佈出來的資訊並不完整，別人並不能夠確定你的實驗結果是不是能夠給他用做參考。在這樣的情況下，MIAME(Minimal Information About a Microarray Experiment)的出現幫我們省了不少麻煩，或者也可以說是增加了整理資料時的麻煩；我們根據MIAME所制定出來的標準，將描述一個Microarray 所需要的最少資訊給整理好，然後全部一起丟上網路公開，這樣子別人就能依據這套標準來了解我們的實驗結果，是Oligonucleotide還是cDNA，雜合用的條件會不會造成影響，所要參考的基因在哪個位置等等。要不要將結果存成MIAME的格式，我個人覺得應該是要看你有沒有想要將自己的實驗結果公開，因為要整理出MAIME格式的資訊是蠻繁瑣的一件事情，想要親身體驗一下的話可以到EBI的MAIMExpress網頁看看 ( http://www.ebi.ac.uk/miamexpress/ 需要註冊) 這裡會用網頁輸入的方式幫助你一步一步將自己的實驗結果整理到符合MIAME 的要求，然後當你按下submit之後將data送審，通過之後就會進入EBI的另一個資料庫ArrayExpress中儲存並供人查閱(可以自己設定開放的時間點)。不過我一直還沒有找到將完整資料從ArrayExpress上抓下來的方式，所以處理起來感覺不怎麼方便，這部份也還請各位先進幫忙解惑另外像是SMD ( http://genome-www5.stanford.edu/index.shtml ) NCBI的GEO ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ) 也都有提供下載的方式不知道這樣有沒有回答到你的問題? 有錯也還請不吝指正 -- ◤◥ Origin: 中央生科˙生生不息 nculs.twbbs.org.tw ◣◢ Author: soom 從 ym74200.ym.edu.tw 發表