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[問題] 序列比對問題

看板Biotech (生命科學)作者 (期待...)時間18年前 (2007/09/12 14:32), 編輯推噓7(7推 0噓 0→)
留言7則, 6人參與, 最新討論串1/1
請問在比對序列時，有辦法直接給一個序列去資料庫尋找， 然後找到跟它同源性高的序列，而且直接將這些序列放在 一起比對嗎? 例如: A菌(我提供之序列)DFGAY ASFTG SDFGY................ B DTVGB HJMKU SDFGH................ C IUKKJ UYTIU IUYKJ................ . ................................. . ................................. Z ................................. (B~Z為與A相同之酵素只是來源不同，後面殘基純粹亂打) 我最多只能看到 A與B比，A與C比，A與Z比等... 而我想要的是ABCDE....Z一起比! 希望大家看的懂= = 請問有高手可以幫忙解答嗎? 感激不盡 -- -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.121.156.71
推
09/12 20:57, , 1F
你要比的是蛋白質還是DNA 我只知道比DNA的
09/12 20:57, 1F
推
09/12 21:32, , 2F
BLAST完，你得自己把分數最高的存一存吧，再用軟體比
09/12 21:32, 2F
推
09/13 00:02, , 3F
BLAST, take the top hits and do MSA by clustalw
09/13 00:02, 3F
推
09/13 09:59, , 4F
我是想說有沒有一步驟就能完成的~看來是沒有!感謝!
09/13 09:59, 4F
推
09/13 10:04, , 5F
那請問怎樣叫做分數高?
09/13 10:04, 5F
推
09/13 10:05, , 6F
score值,相似度越高數值越大
09/13 10:05, 6F
推
09/14 19:58, , 7F
看起來好像你要做multiple sequence aligment?
09/14 19:58, 7F
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