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[求救] 分析 SNP 的軟體?

看板Biotech (生命科學)作者 (huggie)時間18年前 (2008/01/09 01:23), 編輯推噓2(2推 0噓 4→)
留言6則, 2人參與, 最新討論串1/1
有找 single nucleotide polymorphism 的軟體嗎? 假設我有 兩個 whole genomes 或者是 contigs 然後 我想要找 ORF 內的 SNP，要知道 synonymous 或者是 non-synonymous 的問題 但也要考慮 frameshift, 如果是 shift 掉就不分析 如果是 shift 回來就繼續分析 我自己寫了一個..不過發現考慮 frameshift 的問題之後 就比想像的困難太多了 寫是寫完了...可是發現結果不對.. 因為 nsSNP 筆 sSNP 多太多了... orz -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.160.62
推
01/09 03:37, , 1F
你這是要寫博士論文???
01/09 03:37, 1F
推
01/09 03:40, , 2F
我們實驗室有人碩論題目就是用生物資訊工具找SNP...
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01/09 03:41, , 3F
基本上光是確認序列的品質就是大工程了....
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我是沒有考慮序列品質的問題..只是用 UCSC BLAT完比對
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然後自己再做計算.
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01/09 12:40, , 6F
曾用過 MUMmer 去做, 但他沒有考慮 synonymous 與否的問題
01/09 12:40, 6F
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