[求救] primer anneal

看板Biotech (生命科學)作者 (認真過每一天)時間17年前 (2008/08/14 15:31), 編輯推噓3(3010)
留言13則, 5人參與, 7年前最新討論串1/1
需要做一個cloning,使用2個primer 去anneal出我要的基因(這個 基因很短),為了方便ligation,2個primer各有一個cuting site。 primer A: Tm:73.5℃ 5' 3' TTAAGCTTAGAAGGAGAACCATGGAAGCCCCAGCTCAGCTTCTCTTCCTCCTGCT ------ ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ HindIII overlap primer B: Tm:75.8℃ 5' 3' AAGGATCCTCTCCGGTGGTATCTGGGAGCCAGAGTAGCAGGAGGAAGAGAAGCTG ------ ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ BamHI overlap overlap:是我要anneal出來的基因片段 請問我要怎麼樣才能成功的anneal這兩個primer? 並且可以在agarose gel看到清楚的band呢? 目前都只能看到一團糊糊的,不像正常的DNA電泳跑出來的清晰的band 試過1.68~55℃的anneal溫度 2.加過2%~10%的DMSO 3.直接拿糊糊的那團去做後續的步驟,可是長不出colony @@~ 我想要詳細的protocol,謝謝。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 134.208.24.2

08/14 16:01, , 1F
有先加熱denature嗎?(好像72度還是更高忘了= =")
08/14 16:01, 1F

08/14 16:03, , 2F
另外vector怎麼處理的?去磷酸嗎?
08/14 16:03, 2F

08/14 21:09, , 3F
有先加熱95度denture 5mins
08/14 21:09, 3F

08/14 23:35, , 4F
你都作這麼長的primer了,不考慮直接合成一條就好?
08/14 23:35, 4F

08/15 20:25, , 5F
可以參考site direct mutagenesis的protocol
08/15 20:25, 5F

08/15 20:26, , 6F
先把這兩組primer當template(各很少量~25ng) run 10cycles
08/15 20:26, 6F

08/15 20:28, , 7F
在把全長的5'和3'ter primer(另外設計)加入繼續run15cycle
08/15 20:28, 7F

08/15 20:28, , 8F
但這是很笨的做法....你都已經設計這麼長了...
08/15 20:28, 8F

08/15 20:33, , 9F
既然基因不長我建議你訂購全長的序列正和反股
08/15 20:33, 9F

08/15 20:33, , 10F
然後把他anneal起來..孤一下oligonucleotide annealing
08/15 20:33, 10F

08/15 20:34, , 11F
就會找到很多protocol了
08/15 20:34, 11F

11/11 00:55, , 12F
你都作這麼長的prim https://daxiv.com
11/11 00:55, 12F

01/03 16:43, 7年前 , 13F
先把這兩組primer http://yofuk.com
01/03 16:43, 13F
文章代碼(AID): #18ezzYXl (Biotech)
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