[求救] real time PCR 前的RNA preparation

看板Biotech (生命科學)作者inveigh (invection )時間16年前 (2009/09/11 00:41)推噓0(0推 0噓 1→)

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我的實驗遇到一些問題想請教各位. 以前都是用invitrogen RNA KIT抽RNA.然後會跑膠看一下RNA quality.結果都還好,都看的到18s和28s兩條bands. 但最近要收的sample量很少.所以RNA就用傳統方式抽,並且有加入glycogen去pull down RNA, 不過遇到一些問題. 1. 跑膠時,除了那18,28S 兩條bands,還看到<100 bp處有一團, 不知道是不是degraded RNA?? 2.因為沒有用DNaseI, 所以想說直接用RNA去跑PCR(18S primer),結果和以cDNA為template 的結果一樣,在100bp處可以看到一條BAND. 所以這代表有genomic DNA污染嗎? 可是如果primer是span intron的,應該PCR產物會很大吧?? 所以它有可能是?? 所以我想說會不會是我在離心取上清液時,有吸到一些interphase的gDNA?可是又有人跟我說, 就算我放棄很多接近interphase的上清液,仍然不可能避免gDNA的污染?? 3. 那如果我將上清液加入glycogen後, 可以再去過invitrogen的抽RNA的column嗎? 因為還是習慣用KIT,用ISP抽一直抽不好>.< 希望各位能多多分享意見.謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.230.128.160 ※ 編輯: inveigh 來自: 61.230.128.160 (09/11 00:44)