[求救] Environmental Genomic DNA 無法 amplification

看板Biotech (生命科學)作者 (無聊就是力量)時間16年前 (2009/09/16 20:46), 編輯推噓4(405)
留言9則, 2人參與, 最新討論串1/1
抱歉打擾了。 我的實驗是將環境樣本(某種高鹽度底泥)的全部DNA抽出, 並進行metagenomic的研究, 然而因為樣本本身的原因, 用MoBio的 soil DNA isolation kit只能得到濃度大約1 ng/uL 左右的DNA, 這樣是不夠進行pyrosequencing的, 所以我將此濃縮到10 ng/uL的DNA, 並且用Genomiphi的whole genome amplification kit進行增幅, 然而卻永遠沒辦法得到產物(positive control有東西,negative沒有), 我認為問題應該還是出在樣本本身DNA的萃取, 我也自己modify純化的步驟了, 但還是沒辦法得到產物, 不知道板上有沒有相關領域的板友能提供解決意見的? 小的在此先感謝了!!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 142.157.206.12

09/16 21:13, , 1F
以把你的底泥樣品量增加阿~~然後再濃縮成ㄧ管就可以囉!!
09/16 21:13, 1F

09/16 21:15, , 2F
我有用過這種方式,但是Genomiphi Kit沒有辦法做出東西
09/16 21:15, 2F

09/16 21:16, , 3F
Genomiphi需要10 ng/uL 1 uL就應該要做得出東西了。
09/16 21:16, 3F

09/16 22:16, , 4F
會不會是因為底泥樣品內有些離子或腐植酸導致實驗失敗?
09/16 22:16, 4F

09/16 22:16, , 5F
我記得Bio-rad有賣去腐植酸的試劑~~可以買來試看看!!
09/16 22:16, 5F

09/16 22:23, , 6F
感謝!您說的樣本背景影響也是我現在覺得很有可能的因素,
09/16 22:23, 6F

09/16 22:24, , 7F
但是有去掉高濃度離子的kit嗎?因為我樣本中應該比較少腐植
09/16 22:24, 7F

09/16 22:41, , 8F
你明天問一下bio-rad看看吧!!或是賣DNA kit的相關廠商~
09/16 22:41, 8F

09/16 22:47, , 9F
忘記說了~~泥土易吸附腐植酸~~有機溶液易將腐植酸釋出~
09/16 22:47, 9F
文章代碼(AID): #1AiDuF5J (Biotech)
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