[求救] Ligation一直失敗

看板Biotech (生命科學)作者 (東京宿便★娯楽)時間16年前 (2009/10/21 23:05), 編輯推噓11(11010)
留言21則, 11人參與, 7年前最新討論串1/1
目前vector是4kb的pACYCDuet-1, insert是2kb的PCR product,尾端有多設計2個nucleotide給RE作用 反應時一端為blunt end,另一端是sticky end ligation前,確定電泳上的大小正確 ligation條件是: Vector:insert約1:5 16℃ over night Fermentase ligate 5ul 目前重做兩次 挑出來的clone都是Vector only 感覺insert沒有接上去 因為同時做的另一組方法完全一樣 只是Vector不一樣(insert類似),已經成功做出來了 pACYCDuet-1在電泳膠上看大小是2kb 但用RE切一刀後會回到4kb 可能表示pACYCDuet-1易有supercoil 不知道會不會影響ligation? 目前想到的辦法可能是在ligation時加入PEG 或者換成其他cloning site 但總覺得跟問題無關 麻煩大家幫我看看... >.<~~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 122.120.34.115

10/21 23:11, , 1F
只留兩個nt給RE作用夠用嗎?
10/21 23:11, 1F

10/21 23:24, , 2F
會站不穩喔
10/21 23:24, 2F

10/21 23:25, , 3F
RE是用哪個?
10/21 23:25, 3F

10/21 23:37, , 4F
有外加ATP?
10/21 23:37, 4F

10/22 04:23, , 5F
blunt end本來就難ligation, 加上只有2bps來ligate
10/22 04:23, 5F

10/22 09:39, , 6F
以往只多加2個base都有做出來, 所以就一直沿用2個 @@"
10/22 09:39, 6F

10/22 09:40, , 7F
ligation buffer裡有ATP, 另外sticky end是用AatII切
10/22 09:40, 7F

10/22 09:43, , 8F
多留幾個比較保險 4-6個
10/22 09:43, 8F

10/22 09:44, , 9F
另外一組成功的也是用AatII切嗎?
10/22 09:44, 9F

10/22 09:52, , 10F
成功的那組sticky end是AvrII, 但vector不同, 是用pETDuet
10/22 09:52, 10F

10/22 12:27, , 11F
PCR product先接到pTA上, 再切下來去接成功率比較高
10/22 12:27, 11F

10/22 12:28, , 12F
此外我還用小米的ligation buffer, 好像我成功率就大增
10/22 12:28, 12F

10/22 12:28, , 13F
參考一下吧:D
10/22 12:28, 13F

10/22 18:52, , 14F
感覺是vector的問題 如果切的好的話 應該不會self-ligate
10/22 18:52, 14F

10/23 01:55, , 15F
vector切完有CIAP嗎
10/23 01:55, 15F

10/23 10:56, , 16F
有 >.<
10/23 10:56, 16F

10/23 12:19, , 17F
小米的LIGAITON BUFFER是哪家?
10/23 12:19, 17F

10/23 14:06, , 18F
那insert有加PNK嗎 有一端是blunt end
10/23 14:06, 18F

10/23 23:32, , 19F
小米就是...google找小米柑仔店
10/23 23:32, 19F

11/11 01:48, , 20F
ligation bu https://noxiv.com
11/11 01:48, 20F

01/03 17:02, 7年前 , 21F
vector切完有CI http://yofuk.com
01/03 17:02, 21F
文章代碼(AID): #1AtoD1D6 (Biotech)
文章代碼(AID): #1AtoD1D6 (Biotech)