[求救] 請問ligation

看板Biotech (生命科學)作者 (小玲)時間15年前 (2010/12/06 20:17), 編輯推噓5(5014)
留言19則, 7人參與, 最新討論串1/1
大家好... 剛剛爬了文...參考了很多人ligation的作法 不過我有一點疑問 我是用PGEM_T vector (promega) 3k insert DNA 2K,比例vector:insert=1:4 經藍白篩之後, clone的數量也是很少>< ligation是 16度 overnight 想請問大家以下的問題: 1.pcr產物一定要先經過純化嗎? 問這個主要是因為我記得碩士clone時好像沒將pcr產物純化 直接和pgem t vector做ligation 不過在現在的實驗室要,想請問有無純化真的有差別嗎? 因為我gel extraction的濃度會變的很低 一開始pcr會p大概五管左右,再全部濃縮成50μl 跑膠完其實band還蠻清楚的,但是gel elute完後再取約2μl跑膠 band很弱,做了兩次都一樣,實在不知道問題是什麼 是用QIA的KIT去純化的 所以想問問看是否一定要先經過純化? 2.gel extraction為何濃度會那麼低呢? 都是造protocol去操作的, 到底問題是....? 先謝謝大家了,遲遲clone不出來好沮喪啊>"< -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 220.136.22.186

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最後beads overdry跟pH不對是最常見的吧
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1.PCR純化可以去除PCR過程中產生的non-specfic band
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2. 看人品看kit穩定度看band的粗細看切下來膠的大小
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看做膠的品質跟融點 通常有回收一半就不錯了
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正常使用gel extraction kit效果不只一半,product不要太大
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太小的話,都可以有8成,最大的問題是做cloning的貪心,很多人
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用過少的elution buffer想要得到高濃度,殊不知是反效果
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當然要純化,不純化做得出來我只能說是運氣
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2ul跑膠band當然暗,你一定是體積加太少,不敢多取來跑膠
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還有切下的膠一定要小純化的效果才比較好
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還有enzyme作用完,ligation前也一定要純化,我是用酒精沉澱
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如果是single band的話,可以用clean up,回收率比切膠多
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不然只能用切的了,sample可以集多一點去elute,切膠純化就
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不會覺得不夠了~基本上我都是PCR產物用100ul去elution
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最後用20-30ul "水"回溶,建議不要用TE buffer或kit的buffer
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溶,會干擾反應
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Kit的buffer其實也就是Tris而已,不含EDTA不會影響後面實驗
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除非你P的很多雜BAND 不然通常不需要gel extraction吧@@
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推樓上 沒雜BAND的話 直接用pcr cleaning kit 回收率高很多
12/10 18:13, 19F
文章代碼(AID): #1C_DHcCI (Biotech)
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