[求救] 尋找Transcription factor可能的binding site

看板Biotech (生命科學)作者 ( 新目標 新方向)時間14年前 (2011/07/11 18:53), 編輯推噓4(4011)
留言15則, 5人參與, 最新討論串1/1
目前研究的蛋白是一個轉錄因子 老師想要利用CHIP去看他會跟那一段序列結合 所以要我先利用軟體predict有哪些可能的binding site 但一方面大多數的人都是已知序列 去找可能binding上的轉錄因子 而我剛好相反 是已知蛋白想找可能會binding的序列 另一方面 看不太懂一些transcription factor binding site database 不知道有沒有人可以給我一些意見 謝謝~~~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.125.66

07/11 21:10, , 1F
如果是已知蛋白, 那就有序列, 輸入網站或是軟體
07/11 21:10, 1F

07/11 21:10, , 2F
自然就得到有可能的TFBS囉~
07/11 21:10, 2F

07/11 22:36, , 3F
輸入蛋白質序列嗎? 但網站上大多都是輸入DNA序列去找蛋白
07/11 22:36, 3F

07/11 22:37, , 4F
有可以輸入蛋白質序列找binding site的網站嗎??
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07/11 22:52, , 5F
記得有TFsearch 這個網站
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07/11 23:35, , 6F
但是TFsearch也是要輸入DNA序列去找TF,但是我想要找的是
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07/11 23:35, , 7F
我的TF會去binding在甚麼基因上得甚麼序列
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07/11 23:47, , 8F
TF會binding的sequence就是某些特定序列,含有這些序列的
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07/11 23:48, , 9F
基因都有可能,要都預測出來,不太容易,用釣的再去驗證,
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07/11 23:48, , 10F
還比較實際。
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07/12 00:42, , 11F
直接CHIP再P那些片段出來不是比較實際?
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07/12 09:59, , 12F
是要做CHIP沒錯,但是要先有probe跟primer才能P呀~~~
07/12 09:59, 12F

07/12 10:34, , 13F
07/12 10:34, 13F

07/12 10:35, , 14F
再來個microarray
07/12 10:35, 14F

07/13 23:25, , 15F
R大,這個好像還不賴ㄟ~~感謝你捏!!讓我好好研究一下^^
07/13 23:25, 15F
文章代碼(AID): #1E6jP6Rn (Biotech)
文章代碼(AID): #1E6jP6Rn (Biotech)