[求救] miRNA做real-time

看板Biotech (生命科學)作者 (炸蝦沾釀)時間14年前 (2012/02/29 01:18), 編輯推噓6(6014)
留言20則, 7人參與, 最新討論串1/1
各位好,小弟最近在做miRNA的real-time,遇到點問題請教... 1. 目前我個人的作法是Total RNA抽出來(TRIZol),取定量(約5ug)做 polyadenylation (用polyA polymerase + ATP, NEB),之後直接取1/10體積 用Oligo dT轉RT (SuperScriptIII, Invitrogen)。之後產物cDNA去跑real-time Control都會用U6,目前為止都很穩定,但是miRNA的表現卻很跳痛。 該高不高,該低不低,重複的樣本也會上上下下。實在很難定量分析。 想請問有沒有更好的方法? 2. 有一說是RT用stem-loop primer去做類似RACE,會有比較高的專一性 對於mature vs. precursor miRNA比較能做(結構上的)區分。 不知道板上先進的建議是? 3. 目前小弟使用KAPA的2X master mix,機器是StepOne plus, 某些target容易跑出multiple Tm peak,salesperson是給我建議說 把reagent再稀釋些,這麼做難道還要try稀釋條件?還是有個大略值呢? 幾個問題請教,還請高手協助~喔耶~ -- 這個嘛... http://aceliang.pixnet.net/album http://www.wretch.cc/album/ http://123.342.123.321.231.321 選哪個好呢? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 220.135.72.79

02/29 12:54, , 1F
miRNA的precusor和mature form都沒有poly A喔~
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02/29 12:56, , 2F
用Oligo dT當然轉不出來,好奇你real-time如何設計primer?
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有 polyA tailing
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02/29 22:50, , 4F
看你是要增幅mature還是precusor吧,方法不太一樣
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02/29 22:51, , 5F
很好奇你的primer是怎麼設計?
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目標是要做mature,所以才想說原方法可能不夠好
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primer有兩組抄自publication,一組用Primer express設計
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喔喔~不好意思,我沒看清楚原PO有做polyadenylation
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mature用Oligo dT是做不出來的啦,mature miRNA沒有polyA
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如果你有polyadenylation, 還是很難説
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因為有些 miRNA 訊號真的很低,一般的方法可能會看不到
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假使你有資料可以參考,看看他們是用什麼方式吧
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目前我知道的也僅有 Taqman 和 LNA 兩種,抱歉孤陋寡聞 / \
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h大快別這麼說!您已經給小弟相當建議了!謝謝
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我好奇說如果我用stem-loop轉RT,那internal control要?
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miRNA要用特別的internal control 如U6,U3
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ABI有很多可以挑,當然也可以自己合成
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03/03 00:19, , 18F
kapa mm是sybr不飽和螢光, 可改用Evagreen 系統
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internal control 可以用snoRNA-412
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03/05 21:23, , 20F
感謝以上各位的建議!看來我有得試了XD
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文章代碼(AID): #1FJGnKJU (Biotech)
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