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[求救] Vector NTI的contig express用法

看板Biotech (生命科學)作者時間13年前 (2012/05/30 23:40), 編輯推噓0(0推 0噓 9→)
留言9則, 5人參與, 最新討論串1/1
各位版友好 最近幫學姊送定序，結果送回來要比對我遇到一個問題 就是學姊的insert有2.3K的長度! 可是回來的結果，primer竟然是從前後夾= = (ABI檔案) 我知道定序的準確性大概只有前750bp 學姊應該也不會弄錯才是(問題是學姊這個禮拜出公差都不會在) 反正我死活就想說拿去vector NTI(11版)對一下，少中間就算了(他回來再問) (前後定序送回來的長度都是1.3K左右) 結果contigexpress顯示No contigs were assembled.!!! 嚇我一跳，當下再用alignment試一下，咦? 前後都有對到阿? 為什麼contigexpress在這種狀況下就不能對了? 是不是我對這個軟體有什麼誤會呢? 盼有神人能幫解答這個問題 文筆不好，如果有描述不清楚的地方，我會再盡量說清楚 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.114.96.44
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05/30 23:43, , 1F
如果兩個方向出來的結果沒有互補到一定程度，就不會有contig
05/30 23:43, 1F
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05/30 23:46, , 2F
所以像這個情況，還是要需要中間那一條Q_Q 對吧?
05/30 23:46, 2F
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05/30 23:46, , 3F
現在我是手動align看一下至少前後700多是不是正確了 哀
05/30 23:46, 3F
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05/30 23:47, , 4F
可是還有一問 是不是改它的設定就可以忽略某些問題?
05/30 23:47, 4F
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05/30 23:48, , 5F
因為我有看到他許多設定 可是不會改
05/30 23:48, 5F
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05/31 00:25, , 6F
自動不行改手動，另，前後夾有什麼不對.....
05/31 00:25, 6F
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05/31 02:56, , 7F
2.3k...可以考慮用單邊，walking的方法定序
05/31 02:56, 7F
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05/31 06:48, , 8F
1.拿起電話打給定序公司 2.說你要全段定序, primer要業務一
05/31 06:48, 8F
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05/31 06:50, , 9F
起送回來.每間公司都有這種service. 快又方便
05/31 06:50, 9F
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