[求救] 我的PCR primer 是不是有問題

看板Biotech (生命科學)作者 (玩具)時間13年前 (2012/07/18 09:32), 編輯推噓1(1017)
留言18則, 8人參與, 最新討論串1/1
目前為了找出白蝦裡的血藍素 採了組織 抽了RNA 翻了cDNA 但到了我們要利用設計好的primer 去夾 卻始終夾不出來 連用梯度去跑 也沒東西 想請問看看 是我們的primer有問題 還是哪裡出了問題 這是白蝦的血藍素序列 cDNA 濃度則是4.9 ug/ul http://ppt.cc/tvMU 而我們設計了兩組primer 加上切位 CCCGGG和CTGCAG F-5'-AT CCC GGG G AAATGGGAATTTTCAGAATG-3' R-5'-AT CTG CAG TGCATATGTTCTTTATTGTGG -3 F-5'-AT CCC GGG C ATGAAATGGGAATTTTCAGA -3 R-5'-AT CTG CAG AAACAATTCATTCATCGACA -3 配法 cDNA 1 PCR buffer 1 2.5 mM dNTP 1 1/5x 稀釋 Primers 0.2 Taq DNA polymerase 0.1 ddH_2O 6.7 total 10 這是我們的梯度PCR program Stage1 Stage2(35cycles) Stage3 95℃ 94℃ 55~65℃ 72℃ 72℃ 4℃ 5min 30 sec 1 min 2 min 10 min Hold -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 210.59.89.34 ※ 編輯: jkq 來自: 210.59.89.34 (07/18 09:36) ※ 編輯: jkq 來自: 210.59.89.34 (07/18 09:44)

07/18 13:02, , 1F
要不要先找一組一定夾得出東西的primer看看sample有無
07/18 13:02, 1F

07/18 13:02, , 2F
問題
07/18 13:02, 2F

07/18 13:08, , 3F
可能cDNA濃度太高吧 再稀釋看看
07/18 13:08, 3F

07/18 13:13, , 4F
我拿你的序列去比對 怎麼都沒對應到? 可以說一下 從哪裡
07/18 13:13, 4F

07/18 13:13, , 5F
開始嗎?
07/18 13:13, 5F

07/18 13:15, , 6F
另一方面,RNA抽出來的品質 還ok嗎?
07/18 13:15, 6F

07/18 13:24, , 7F
序列不是從CDS開始 而是從在前面一點的mRNA序列開始
07/18 13:24, 7F

07/18 13:25, , 8F
因為試過直接從序列開始和結束處 直接設計 但GC值會太高
07/18 13:25, 8F

07/18 13:26, , 9F
另外切位後面多加的C或G 只是為了上他接上vector的時候
07/18 13:26, 9F

07/18 13:27, , 10F
能呈現三字組
07/18 13:27, 10F

07/18 14:18, , 11F
cDNA先稀釋個一百倍吧 體積不同有時候結果也會不一樣
07/18 14:18, 11F

07/18 14:19, , 12F
然後gradient可以從50開始拉吧
07/18 14:19, 12F

07/18 15:52, , 13F
看到這個cDNA濃度,應該是RT完之後拿去測的吧...
07/18 15:52, 13F

07/18 17:11, , 14F
cDNA濃度要再稀釋個10倍吧,序列找不到+1
07/18 17:11, 14F

07/18 18:28, , 15F
請問pcr濃度多少才適合呢
07/18 18:28, 15F

07/18 19:57, , 16F
序列為AAATGGGAATTTTCAGAATG
07/18 19:57, 16F

07/18 19:59, , 17F
切位後 就是序列 但不是設計在血藍素本身
07/18 19:59, 17F

07/21 02:12, , 18F
一般50uL的PCR我都取1~2ug的template來P
07/21 02:12, 18F
文章代碼(AID): #1G1X8-vb (Biotech)
文章代碼(AID): #1G1X8-vb (Biotech)