[求救] protein已定量但actin卻不equal?

看板Biotech (生命科學)作者 (silversky)時間13年前 (2012/10/30 21:31), 編輯推噓5(5022)
留言27則, 9人參與, 最新討論串1/1
各位大大好: 近來我在收取Western blot所需的細胞lysate後 以Bio-rad protein assay這組kit進行 定量後發現actin還是不甚equal 仍須用肉眼判定量的多寡來微調 想問一下是不是我實驗的哪個步驟出了問題 我所使用的藥物是會導致細胞死亡的藥物 最高劑量大概可以使整盤p10的細胞死亡60~70% 而我收取lysate的步驟如下: => 用細胞刮勺將細胞刮下後 連上液(medium)一同加入離心管中 => 將細胞離心下來之後 PBS wash一次 => 細胞pellet加入 HNTG lysis buffer回溶(此步加入protease inhibitor) => 冰負80度C 一小時以上或overnight後 放在4度C shaker上搖晃一小時 => 13000rpm 30分鐘 => 取上液負20度C保存 定量步驟如下: 使用BCA標準品 0.125, 0.25, 0.5mg/ml 並使用ddH2O當作blank Sample四倍稀釋 18ul ddH2O + 6ul sample 每一well加入10ul 並加入200ul Bio-rad protein assay 抽吸15次確保mix均勻 使用ELISA reader 570nm測定 在之後的計算中 我每次蛋白質的定量在標準品所畫出來的公式線r平方值都在99以上 但是換算出來後 使用Western去看 發現actin還是不太equal 尤其是加藥高劑量的那一組 想請問是不是在我收lysate的過程中有哪一步驟是錯誤的導致裡面有其他蛋白也跟kit反 應而被定量到了呢? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 218.173.33.127

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定量前sample都有vortex並spin down
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我想到幾個可能原因:
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1.藥物會影響定量試劑(甚至是被算進蛋白質濃度?
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2.你的藥物會破壞actin~~!可喜可賀!發篇大的吧!
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我之前也有懷疑過~ 不過有壓tubulin 走向跟actin是差
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不多的~
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如果是藥物的關係 是要增加PBS wash次數嗎?
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我也常常遇到藥物treat過後的actin都不準 @@ 目前無解
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連medium的死細胞也一起收就會這樣,沒必要不需要這樣收
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還有把離心後的上清液凍在-20是很不好的,怎樣這種protocol
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換別的internal control呢? 我們有些會影響tubulin的藥物 WB
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的internal control是用GAPDH
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可做其他種類的internal control看看,不過我猜結果應該是差不
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多,加藥實驗常會遇到這種狀況,如果你要呈現蛋白定量一致的WB
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圖,可用軟體對band進行相對定量來比較。若想要以相同的actin
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band WB圖顯示,那就得在進行第一次WB之後目測或軟體測band,
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再微調下次loading量。雖然我覺得這個方法有點爭議,但很多人
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是這麼做。幸好一篇paper通常會用數種方法來證明論點,所以我
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就還可以接受這爭議的方法。
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我們現在是採用j大的方法 另外離心後的上液就是lysate
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了阿 應該是凍負20度C沒錯吧?
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零下80度凍一段時間,很多蛋白的量都會改變,你覺得零下20度
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會比較保險嗎? 有些時候,解凍完的蛋白,我們會重新定量。
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每次wb前都重新定量一次是比較保險 而且要分裝-80
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感恩~
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基本上原因就是細胞死太多的關係
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所以死掉的細胞會有多的蛋白質被定量到囉?
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文章代碼(AID): #1GZzQhvg (Biotech)
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