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[求救]關於 Codon Optimization

看板Biotech (生命科學)作者 (hsjrio)時間13年前 (2012/11/06 14:23), 編輯推噓2(2推 0噓 4→)
留言6則, 2人參與, 最新討論串1/1
我們想將一個昆蟲的基因送到脊椎動物的細胞中表現 初步測試的結果效率不佳 老闆說跨物種的話可能會有codon 使用的偏好性 所以要做codon optimization 我在NCBI的Codon Usage Database中找出脊椎動物的Codon Usage 列表 然後再根據每個胺基酸其對應的codon偏好,按照比例(例如:GAU 用的多 GAC用得少) 將昆蟲的基因換成脊椎動物偏好的codon 最後再拿去作全基因合成 http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/showcodon.cgi?species=7955 假設 UUU 18.2 (146007) UUC 20.8 (166990) 中間是頻率,最後括弧的部分是樣本數 我目前的作法是把昆蟲會轉譯成Phe的序列都找出來 然後根據上面的數據把codon換成大約一比一的比例 另外請教為什麼兩個加起來不會等於100%??? 想請教各位這樣的做法行的通嗎 還是有更好的方法可以做 感謝^^X -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.121.71.124
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11/06 15:52, , 1F
網頁裡寫frequency: per thousand,分母不是只有這兩個codon
11/06 15:52, 1F
推
11/06 16:06, , 2F
網路上有許多免費codon optimization program/tool可使用
11/06 16:06, 2F
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11/06 16:41, , 3F
我是要做斑馬魚,但找了幾個軟體好像都沒有斑馬魚的database
11/06 16:41, 3F
推
11/07 00:22, , 4F
http://test.idtdna.com/CodonOpt 選Brachydanio rerio
11/07 00:22, 4F
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11/07 00:25, , 5F
蛋白表現不佳原因很多，例如以下討論http://ppt.cc/kcfR
11/07 00:25, 5F
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11/08 12:05, , 6F
感謝J大指教~
11/08 12:05, 6F
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