[求救] PCR找不出的盲點

看板Biotech (生命科學)作者 (寶)時間13年前 (2012/12/19 12:10), 編輯推噓4(4035)
留言39則, 14人參與, 最新討論串1/1
遇到PCR的問題 一開始利用dream tag有P的所要的產物 但之後用相同條件,相同機器 就P不到任何東西 PCR產物約2000bp PCR配方 水 18ul 10x buffer 2.5ul 10mM dNTP 1ul primer(F) 1ul primer(R) 1ul Dream tag 0.5ul cDNA 1ul PCR條件:94度 5min 94 30sec 55/50 30sec 72 2min 72 10min 4 Run 35 cycle 目前試過改進的方法有1.增加cDNA的量變成2ul及3ul 2.降低annealing temperature(EX.55度降為50度) 3.換成2X Master mix的tag 4.換新的cDNA試過~也不行 > < (sample,primer,水,buffer,PCR machine都一樣) 請教各位厲害人士 還有什麼地方可以改進的?? 還是有什麼方法?? 謝謝~! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 163.25.90.143

12/19 12:22, , 1F
cDNA回溶幾次了?
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12/19 12:58, , 2F
primer的濃度是?
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12/19 13:36, , 3F
把P過的Products再拿去P一次試試看
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12/19 13:58, , 4F
感覺你是要construct 我覺得你的改進方式太客氣了 @.@
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12/19 13:59, , 5F
2ul-->3ul 才1.5 倍 沒啥感覺... annealing 才換一種溫度..
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12/19 14:00, , 6F
但我覺得cDNA 濃度倒不關鍵 除非degrade 光光 那再多也沒用
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狠一點就跑gradient50~70,cycle 40甚至60也ok 反正就硬p
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12/19 14:03, , 8F
溫度也不一定降低就比較容易p 出來
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12/19 14:20, , 9F
cDNA回溶約三次,primer是10uM
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12/19 14:21, , 10F
p過的產物有在去p過~ 是有p出來~ 但是產物用完了就再也P不出
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12/19 14:21, , 11F
我是要做construct沒錯~
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但50度已經是實驗室可以接受的最低溫度了
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所以溫度不能再低了> <
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現在就是硬p也p不出來~
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12/19 14:26, , 15F
而且之前在55度有p出來,可是之後都P不出來
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※ 編輯: ttgsh 來自: 163.25.90.143 (12/19 14:31)

12/19 14:54, , 16F
你的水是滅過菌的水嘛?!
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12/19 16:37, , 17F
有看過cDNA做不好結果用沒幾次就掛掉的
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12/19 17:27, , 18F
依經驗來看.應該要先確認一下cDNA是否有出問題
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畢竟p過的產物有p出來,就可以排除掉condition的問題
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12/19 17:30, , 20F
cDNA跑個control看看
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12/19 17:35, , 21F
水是滅過的呀!!!
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12/19 17:37, , 22F
嗯嗯~ 謝謝!! 我會先確認cDNA是否有問題~
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12/19 23:16, , 23F
enzyme還健在嗎? PCR都沒有做positive control嗎?
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12/20 01:34, , 24F
推樓上,其他positive control都ok嗎?
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12/20 02:26, , 25F
奇怪,怎麼都沒有人懷疑你的primer是不是設計有錯誤嗎?
12/20 02:26, 25F

12/20 02:26, , 26F
建議你再找人幫你確認看看你的primer有沒有錯。
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12/20 02:27, , 27F
另外,有些公司訂製的primer也可能出錯,就P不出產物。
12/20 02:27, 27F

12/20 02:52, , 28F
樓上沒看到原po先有P到,相同條件後來卻失敗,怎會懷疑primer
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12/20 04:48, , 29F
primer有沒有可能degrade?
12/20 04:48, 29F

12/20 10:25, , 30F
enzymeg是新開封的~ 應該是不會有問題
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12/20 10:26, , 31F
control有做過~ 也都OK!!
12/20 10:26, 31F

12/20 10:28, , 32F
是基因全長不知為何突然p不出來~
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12/20 10:28, , 33F
但換成同基因產物較短的primer就可以p出來~
12/20 10:28, 33F

12/20 11:32, , 34F
這樣看來應該是舊primer掛掉了吧
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12/20 11:32, , 35F
既然想找出哪邊有錯,能換新的就應該全換過啊
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12/20 11:52, , 36F
能換新的我都換過了沒錯~ primer也重新回溶過
12/20 11:52, 36F

12/20 11:53, , 37F
所以想說先重新抽RNA轉cDNA試試
12/20 11:53, 37F

12/22 20:55, , 38F
把elongation的時間從兩分鐘加長到兩分半或三分鐘呢?
12/22 20:55, 38F

12/29 11:50, , 39F
我遇過PCR buffer壞掉...
12/29 11:50, 39F
文章代碼(AID): #1GqJvFw2 (Biotech)
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