[求救] 實驗新手求問序列正反接問題

看板Biotech (生命科學)作者 (Bis)時間12年前 (2013/05/07 17:36), 編輯推噓3(306)
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今天被老師問了一個問題 如果我今天做了blunt end的cloning, 要怎麼知道insert是正接還是反接? 我想到的是(1)拿去送定序,再alignment比對 可是定序只要定預計插進去的CDS區就好嗎?還是全部insert(primer全長)都要比對? (2)拿去切酵素,切完酵素之後跑膠看insert掉下來的位置? (3)定序定整個cloning(感覺不可行..) 懇請高手賜教謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 210.60.122.200

05/07 17:41, , 1F
你可以先了解一下,正接和反接哪邊會不一樣
05/07 17:41, 1F
應該只有序列不同嗎?(猜測..)

05/08 00:18, , 2F
forward plasmid primer + reverse insert primer
05/08 00:18, 2F
意思是我可以將cloning抽出來後以forward plasmid primer + reverse insert primer 定序確認嗎?

05/08 23:35, , 3F
定序好啊 有錢的話... blunt end酵素不見得能切
05/08 23:35, 3F

05/09 08:50, , 4F
insert上面選個切位,plasmid上面選個切位先確認
05/09 08:50, 4F
可是可以被酵素切斷不就只是證明我有clone成功, 還是不知道他是正接反接? ※ 編輯: LintongBis 來自: 175.181.110.202 (05/09 23:06)

05/10 00:10, , 5F
可是你可以知道長度 就可以判斷 選unique的
05/10 00:10, 5F

05/10 21:53, , 6F
我好像沒說清楚 用plasmid上 頭的primer當forward +
05/10 21:53, 6F

05/10 21:55, , 7F
insert內用尾巴的primer當reverse
05/10 21:55, 7F

05/10 21:55, , 8F
可以p出來就是對的colony p不出來就是接反or雜菌
05/10 21:55, 8F

05/10 21:56, , 9F
P出來的大小也要稍微看一下 negative control也要擺
05/10 21:56, 9F
文章代碼(AID): #1HYCi3wp (Biotech)
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