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[求救] 關於 primer 設計切位多留幾個 base

看板Biotech (生命科學)作者 (真的很愛"貓")時間12年前 (2013/08/05 13:42), 編輯推噓0(0推 0噓 13→)
留言13則, 4人參與, 最新討論串1/1
小弟要準備設計 primer 上的切位， 希望將 PCR 產物利用 BsrGI 和 NheI 切完後接入vector中 然後根據 NEB 網站所提供需要多留的 base 表格如下： http://0rz.tw/HMs1V 1bp 2bp 3bp 4bp 5bp BsrGI: +++ +++ +++ +++ +++ NheI: + ++ +++ +++ +++ 看起來我保守一點應該設計多留至少 3bp -------------------------------------------------------------------------- 但是參考了本版 monicatsen 大的文章：□ [求救] 長片段ligation+primer desing 發現他們說應該參考網頁裡的一個連結的表格（橘字）： Cleavage Close to the End of DNA Fragments (linearized vector) 網址：http://0rz.tw/cgn5M 裡面提到 BsrGI 留 1bp 效率是 88% 留 2bp 效率是 99% NheI 留 1bp 效率是 100% 留 2bp 效率是 82% 這樣 NheI 好像是在說留 1bp 就好 那這樣不就跟上半部所說的留 3bp 不一樣了嗎？ 不知道能否請各位前輩們幫忙解惑～？ 在此先跟各位說聲感謝～！ -- -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.123.85.49
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08/05 14:55, , 1F
差1~2個base頂多頂多頂多差20塊...
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我不是擔心那個錢啦，我是比較擔心切的效率
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第一個網頁提到的表格,與網頁內另兩個link,共三張,分別是不
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同實驗設計(substrate長度)得到的結果,端看你要切什麼
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我是要用 PCR P 出一段 1.1K 的片段後
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然後要在兩端設計切位，切了之後～再接到vector
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因為剛好要用到這兩個酵素，所以查了一下發現有不一樣的結果
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就加三個阿 越長越安心
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那不好意思～再請教一下通常會放四種 base 的哪一種？
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08/08 12:40, , 10F
聽說有網站有提供哪些 RE 要用哪些 base 當 linker，
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不過我的話會把那三個 base 設計成和 vector 上的一樣，
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這樣之後挑 colony 時剛好 primer 就可以完全和 vector
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和 insert 互補
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