[求救] 電泳跑genomic DNA

看板Biotech (生命科學)作者 (主科爆爆蟲)時間12年前 (2013/05/28 01:26), 編輯推噓3(3014)
留言17則, 7人參與, 最新討論串1/1
發問時請注意,若是要問實驗相關的問題,請將實驗的步驟、所用的條件大致列出 以方便板友幫您追蹤問題 ----請將上列注意事項以 ctrl + k 刪除後開始編輯文章---- 我最近抽蝦子的genomic DNA,是那種最原始、完全沒有加工過的genomic DNA 就只是把它抽出來而已。抽完之後有測他的濃度,後來控制在大約500ng/μl 所以應該是有抽出東西的。只是下去跑了卻幾乎全部都跑不出來, 有幾條完全卡在well裡面...(我這次用的agrose是0.8%的 想問問看有甚麼解決方法?只要把gel的濃度在調低一點就好了嗎? 印象中一般也只能到200bp,那麼大的genomic DNA也行嗎? 因為這不是研究室的實驗,只是個要給高中生體驗抽動物DNA的"體驗" 不需要要求保持DNA的完整性,但也希望不要太複雜方法 我們不太希望加限制酶去亂切(RE對我們來說不是很容易取得 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.116.118.170

05/28 01:31, , 1F
你期望直接抽出來的gDNA跑0.8%出來應該要怎樣?
05/28 01:31, 1F

05/28 01:47, , 2F
你用多少的 DNA 下去跑啊?
05/28 01:47, 2F

05/28 01:47, , 3F
可以試試看 GAPDH 的 PCR 阿.....
05/28 01:47, 3F

05/28 01:47, , 4F
(不過我不知到蝦子的 GAPDH primer 是不是一樣)
05/28 01:47, 4F

05/28 09:00, , 5F
你可以先說看看蝦子的gDNA大小是多少?然後預期跑到哪阿
05/28 09:00, 5F

05/28 14:44, , 6F
不用RE,可以超音波.
05/28 14:44, 6F

05/28 20:29, , 7F
我的動物genome size500Mb直接跑1%看得到band喔
05/28 20:29, 7F

05/28 20:30, , 8F
有的時候nanodrop測的濃度不太準,我有試過測200ng/ul
05/28 20:30, 8F

05/28 20:30, , 9F
但跑膠還是什麼都看不到~後來發現是抽的quality不好
05/28 20:30, 9F
我是希望他能跑出well就好,因為loading dye的第一條顏色也跑到倒數第二條線 以期望來說應該會出現很長的一條,不要求能看出甚麼所以然 只是想讓學員知道有東西跑出來就好(體驗跑電泳的過程為主要目的 p.s.一個well是跑12μl大約200ng DNA的量 ※ 編輯: yufw1023 來自: 140.116.118.170 (05/29 01:05)

05/29 02:40, , 10F
你期望跑出well,應該知道gDNA多大,0.8%要跑多久才跑得出來
05/29 02:40, 10F

05/29 02:42, , 11F
用loading dye對比gDNA,不覺得你的條件留在well是合理的嗎?
05/29 02:42, 11F

05/29 02:48, , 12F
你得多瞭解跑膠多少%能觀察多少size,才不會實驗講解卡卡的
05/29 02:48, 12F
因為我知道最多的是0.3%的agrose可以分離的範圍是5~60k 感覺這也不足以跑動輒幾百m的gDNA? ※ 編輯: yufw1023 來自: 140.116.118.170 (05/29 13:01)

05/30 00:44, , 13F
我抽小鼠的 gDNA 跑膠,在 marker 很上面有一條 band 我
05/30 00:44, 13F

05/30 00:44, , 14F
就當它是成功了.....
05/30 00:44, 14F

05/31 15:41, , 15F
如果只要體驗,讓學生抽完後看到一團絲狀DNA應該就很好玩了
05/31 15:41, 15F

05/31 15:43, , 16F
不然就抽transform plasmid DNA的細菌好了,應該容易一些
05/31 15:43, 16F
因為想讓他們學到比高中更多這類的實驗,所以還是想跑個電泳 我們弄不到這麼多的plasmid DNA的材料,而且之前我有提過還是被否決了 ※ 編輯: yufw1023 來自: 140.116.118.170 (06/03 01:02)

06/05 11:40, , 17F
剝蝦殼再抽試試看
06/05 11:40, 17F
文章代碼(AID): #1HevT0go (Biotech)
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