[求救] DNA粗萃取的跑膠結果

看板Biotech (生命科學)作者 (主科爆爆蟲)時間12年前 (2013/08/06 15:02), 編輯推噓2(204)
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我又來求救了QQ 我用了很粗糙的方式萃取了蝦子的DNA protocol如下 1. 取約一米粒大小的蝦肉至於1.5ml的tube中 2. 加入lysis buffer300 μl,混合均勻之後,靜置一晚(或水浴60度2-3hr) 3. 加入酚-氯仿(1:1混合液)500μl,上下翻轉100回 4. 離心4500rpm,15min 5. 抽取上層澄清液,移至新的tube 6. 重複phenol-chlorform extraction 一遍 7. 加入95%酒精,至1.5ml 8. 冷卻至-20度,至少2hr,最好過夜 9. 離心10000rpm,3min 10. 緩緩倒出酒精,留下pellet 11. 在試管架上倒置tube,晾乾酒精 12. 以300μl TE buffer回溶 上面的lysis buffer就是STE buffer +10% SDS buffer 除此之外完全沒有其他處理 我想請問的是,這樣萃出來的東西 是不是應該包含RNA跟DNA? (上面步驟都沒有RNAse,RNA應該不會被去掉? 然後 我又拿這樣抽出來的東西去跑0.8%的膠, 會看的到東西跑出來,如圖 http://ppt.cc/8hF5 (最左邊是marker) 下面那些很大坨的是不是RNA?(老師說DNA大到根本跑不出well) 另外,右邊的四個lane在well下端都有個稍微像band的東西,那是甚麼? 感謝大家> < -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.116.101.103

08/07 11:59, , 1F
maker以上的band比較像genomic DNA,下面一大陀應是RNA無誤
08/07 11:59, 1F

08/07 12:00, , 2F
,smear應該是蛋白質,太髒了,可以再過一兩次phenol/chlor
08/07 12:00, 2F

08/07 22:41, , 3F
補充,若是擔心phenol殘留,可以多過一次chloroform
08/07 22:41, 3F

08/08 09:49, , 4F
通常這樣的genomicDNA不是會跑大片膠,且同時try不同處理?
08/08 09:49, 4F

08/08 09:50, , 5F
ex分好幾組不同RE treat,或用sonication震斷跑,來印證是
08/08 09:50, 5F

08/08 09:50, , 6F
否是genomicDNA ?!
08/08 09:50, 6F
文章代碼(AID): #1I09-Pnj (Biotech)
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