[求救] 想請問設計Primer吊開花基因

看板Biotech (生命科學)作者時間12年前 (2013/08/16 05:45), 編輯推噓1(108)
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實驗上,簡單的說我們在探討果實跟開花之間的影響,想知道果實什麽時候會對開花 的過程造成影響。因此主要是選定一些開花基因來觀察其表現量,像是 FLC、SOC1、 AP1、AP3、AG、LFY、FT、PI 這些基因。然後用qPCR的方式看 gene expression。 問題在於我現在做的橄欖在這些基因上沒有什麽資訊可以參考,沒有完整的相關序列。 同實驗室在做的其他樹種像是橘子就有比較完整的 database 可以找。想請問有什麽方法 可以比較精準地在橄欖上面也找到這些基因序列然後可以用來設計qPCR的 primer。 之前有先想到說用其他樹種的這些基因做做看一般的PCR,然後有產物的話, 再去做定序,不過一開始做的結果效果不是那麼理想。 想請問有沒有其他方式可以找到這些基因, 謝謝。 ^__^ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 138.23.178.187

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擲筊。阿就沒有基因庫要去哪找,先用各物種都相近的序列做
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08/16 09:32, , 2F
吧,類似基因functional domain應該也相近
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從相近物種找conserved region設計degenerate primer
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定序確定正確後再設計realtime用的primer
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通常degenerate primer專一性不是很好 所以我會搭配
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touch down PCR 有時候會好一些
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就像一樓說的擲筊 多設計幾個primer交叉測試 加油
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08/19 00:00, , 8F
作subtractive hybridization 和RACE-PCR 再去blast
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08/19 00:00, , 9F
看有沒有相近的基因
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文章代碼(AID): #1I3Kl-_X (Biotech)
文章代碼(AID): #1I3Kl-_X (Biotech)