[求救] 蛋白質序列
各位先進大家好
小弟是在做基因序列的分析
做法是將PCR釣出想要的基因序列後
cloning挑菌株送定序
取得完整序列後作DNA比對
現在老闆則是要細看到蛋白質序列
他想要從例如50菌株中 判斷出到底哪條序列才是最優勢的目標序列
於是小弟將DNA序列利用bioedit轉錄後再作clustalw
會發現 有一些是序列完全相同>視為同一種菌
有些在序列有3.4個胺基酸的差異
那只要有差異的胺基酸是否就判定為不同的菌種?
小弟的想法是看差異的胺基酸轉變是否為同一類的胺基酸
像是1.親殊水性 例:殊>殊 無差異
2.酸鹼性 例:酸>酸 無差異
如果胺基酸轉變異性質為以上例子 小弟還是將它視為同一種菌株
是否這樣的想法錯誤?
有的話還有哪個方面需要去注意的
由於老闆要求只能從序列上去判斷 所以做啥3d結構之類的分析就不能了
懇請各位先進提供好的思考方向
小弟對蛋白質實在不熟 謝謝Q口Q
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