請問收到定序結果檔案的後續動作

看板Biotech (生命科學)作者 (小熊維尼的天才老爹)時間10年前 (2015/02/13 14:04), 編輯推噓4(407)
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  請教各位先進,一般你們收到定序的結果檔案後(.abi檔及.txt檔),會自己再   用如VectorNTI的軟體讀.abi檔後重組出contig(假設每個PCR產物樣本都做forward   及reverse兩端定序),還是就信了廠商那邊機器讀出來的序列,直接拿.txt裡的   序列去作後續分析?我個人通常是會用軟體自行重組,看著chromatogram過濾掉   低QV的位置或是人腦判讀forward和reverse組合起來不同的點的序列等等。因為   目前需要做的多為phylogenetic analysis和族群基因分析,很怕幾個位置若是廠   商的機器判讀錯誤,會影響最後的親緣關係圖。不過這樣做法耗神耗時,所以才   想請教各位的作法如何?謝謝。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.64.245.139 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1423807448.A.B6F.html

02/13 15:34, , 1F
肉眼align QwQ
02/13 15:34, 1F

02/13 15:41, , 2F
題外話 量大的話不打算設計個HRM直接看嗎?
02/13 15:41, 2F

02/13 15:47, , 3F
HRM的結果能用來畫phylogenetic tree或做population
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02/13 15:47, , 4F
genetic analysis嗎?
02/13 15:47, 4F

02/13 16:53, , 5F
嗯...如果要作到tree的話不行.. snp倒行
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應該說看你的片段variant有多少 如果不是snp等級 而是inde
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l或是repeat. 那只能乖乖比對... 而且如果你的序列有含het
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erozygote的部份 更只能乖乖看ab1..
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02/13 16:56, , 9F
之前我們lab有這樣確認過怪怪的indel跟substrains orz
02/13 16:56, 9F

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不過呢...真的別相信txt檔啊... 一定得回去看ab1(還是abi?
02/13 16:58, 10F

02/13 16:58, , 11F
?)
02/13 16:58, 11F
文章代碼(AID): #1KtPFOjl (Biotech)
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