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[討論] SNP是否影響RNA的表現量

看板Biotech (生命科學)作者 (堅持美好)時間10年前 (2015/06/26 10:22), 10年前編輯推噓1(1推 0噓 28→)
留言29則, 7人參與, 最新討論串1/1
最近在作SNP相關的研究 將一段mini gene利用點突變，將單一核甘酸突變(C-->T) 結果作Q-PCR發現 表現量卻發現相差有10倍以上! 跑膠沒有Alternative splicing，但卻可以看到band有明顯差異 我很疑惑的是，兩段基因指利用點突變單一點，卻影響這麼大的表現量 這是有可能的嗎? 小弟書讀不多~盼解惑! 感恩~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 117.19.130.25 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1435285327.A.36E.html
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06/26 10:38, , 1F
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06/26 10:43, , 2F
sample size夠大的話,可以做eQTL比較
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06/26 10:44, , 3F
不過本文沒描述實驗操作的細節
06/26 10:44, 3F
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06/27 00:35, , 4F
只能說有可能，但差十倍這種事，還要看其他條件吧。
06/27 00:35, 4F
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06/27 23:44, , 5F
你突變在哪裡？ promoter? exon? intron?
06/27 23:44, 5F
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06/28 11:18, , 6F
exon
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為什麼exon mutation要看RNA,為什麼用minigene?
06/28 11:32, 7F
有轉cDNA看表現量，因為這gene段沒人研究過，minigene是參考paper的
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06/28 11:36, , 8F
你的C與T在不同construct上,如何normalize兩者差異?
06/28 11:36, 8F
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06/28 11:50, , 9F
而且也是很好奇何不能透露實驗設計,反正又猜不到你的SNP點
06/28 11:50, 9F
推
06/28 17:26, , 10F
拿clone直接跑PCR efficiency... 一樣的話再討論表現量
06/28 17:26, 10F
有跑電泳過，兩個vector沒有斷裂，量也差不多一樣
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06/29 01:46, , 11F
有很多可能，你給的資訊很難判斷，不過其實就算給了也
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06/29 01:47, , 12F
還是很難區分是哪些可能。
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06/29 01:47, , 13F
再問仔細一點：你的 minigene 是怎麼放到細胞裡的？
06/29 01:47, 13F
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06/29 01:48, , 14F
是用 transient transfect 還是挑 stable clone？
06/29 01:48, 14F
是以Lipofectamine 2000 transfect into cell
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06/29 01:49, , 15F
然後你既然提到你有看 alternative splicing，表示你突
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變的點很接近 splicing site？那就有可能是 exonic
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splicing enhancer 的影響？
06/29 01:50, 17F
這點也有討論過，有可能性
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06/29 01:51, , 18F
然後你的 qPCR 設計的 primer 有跨 intron 嗎？你可以
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有跨intron設計
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06/29 01:52, , 19F
提供更多資訊這樣才方便我們分析可能，反正你不講基因
06/29 01:52, 19F
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06/29 01:53, , 20F
明也沒人知道你在研究什麼，不用擔心有人會跟你競爭ww
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名 (訂正錯字)
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06/29 15:05, , 22F
如果是exon上，你可以參考SMN1和SMN2的比較差異，也是著名的
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06/29 15:07, , 23F
exon SNP 造成表現量差異大的例子。另外，除了 splicing 有
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異，你的SNP會不會也形成新的stop codon？這也會影響穩定度
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有想過會不會是stop codon，但已排除 現在朝著actinomycin RNA stability方向走 謝謝各位的討論分析^^ ※ 編輯: maybeshit (117.19.128.219), 07/01/2015 10:39:11
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07/01 14:09, , 25F
你既然要做 act.D 和 RNA degradation 的實驗，那最好也考慮
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07/01 14:10, , 26F
一下在24小時內做time course收集數據。另外，有試過使用
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07/01 14:11, , 27F
不同細胞株來看看結果嗎？或是同一種細胞的不同狀態/刺激下
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07/01 14:12, , 28F
不同RBPs或RBP不同狀態也有可能會有影響，但這扯得有些遠了
07/01 14:12, 28F
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07/04 23:58, , 29F
因SNP產生miRNA target site也是有可能的@@
07/04 23:58, 29F
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