[求救] 如何篩選 transmembrane protein ?

看板Biotech (生命科學)作者 (Nick尼克)時間10年前 (2015/08/12 10:36), 10年前編輯推噓1(108)
留言9則, 2人參與, 最新討論串1/1
各位好,這個暑假進生化實驗室實習, 由於本身是讀化學的,生物方面的資訊不太清楚。 今天我要分析從細胞膜上萃取出的蛋白質體, 質譜分析完畢之後,使用Proteome Discoverer這個軟體, 把ID到的917個蛋白質之列表輸出。 結果如下: https://goo.gl/bYyd9z 我用gominer.jar這個軟體可以知道, 哪一些蛋白質是屬於membrane protein, 但我現在想要知道,哪一些是屬於transmembrane protein, 這個軟體就無法告訴我了。 所以我想請問有沒有軟體可以篩選出transmembrane protein, google了很久,不是找不到,就是看不懂如何使用 (有些要特定檔案格式? 反正我丟進去都沒成功) 如果可以,除了給我關鍵字之外,是否也可以教學一下 謝謝你看完這篇文章 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.109.53.131 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1439346978.A.9D4.html ※ 編輯: hibestnick (140.109.53.131), 08/12/2015 10:37:27

08/12 23:43, , 1F
08/12 23:43, 1F

08/13 19:08, , 2F

08/13 19:08, , 3F
所以你要的應該是屬於"integral component of membrane"
08/13 19:08, 3F

08/13 19:09, , 4F
也就是GO-term "GO:0016021"
08/13 19:09, 4F

08/13 19:09, , 5F
然後你就可以用任何抓GO-term的軟體來看你的list就好
08/13 19:09, 5F

08/13 19:11, , 6F
e.g. 剛剛隨便用了一個線上網站
08/13 19:11, 6F


08/13 19:11, , 8F
貼你的gene list找到455個gene具有該GO-term
08/13 19:11, 8F

08/13 19:12, , 9F
DAVID也可用 但它網站常當就是
08/13 19:12, 9F
文章代碼(AID): #1Loh4YdK (Biotech)
文章代碼(AID): #1Loh4YdK (Biotech)