[求救] 用real time PCR定量糞便total菌數

看板Biotech (生命科學)作者時間10年前 (2015/11/05 17:37), 10年前編輯推噓5(503)
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目前實驗需要監測小鼠糞便的total菌數 看到paper用real-time PCR的方式可以得到16S rRNA基因的copy number (會使用universal primers) 但在實驗執行上有遇到幾個問題 1. 請問50~100 mg的糞便夠測嗎? 2. 糞便要做什麼前處理嗎? 脫水?(糞便有的軟有的硬,擔心未影響重量) 還是可以直接冰-80? 2. 我看到別人data呈現方式的y軸是copy number/g 請問是指在分離DNA時用固定體積elute,並取固定體積做real-time PCR? (就不管每管DNA的濃度不同?) 感謝~~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.71.94.11 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1446716221.A.25C.html ※ 編輯: chenmick (203.71.94.11), 11/05/2015 17:37:18 ※ 編輯: chenmick (203.71.94.11), 11/05/2015 17:38:59

11/05 18:30, , 1F
有直接抽stool dna的kit可抽的DNA
11/05 18:30, 1F

11/08 18:19, , 2F
每管抽出總體積同濃度不同,pcr 才會有差異啊
11/08 18:19, 2F

11/09 10:45, , 3F
假設stool kit抽到的完全都是菌的DNA的前提下,以等重量的s
11/09 10:45, 3F

11/09 10:45, , 4F
tool下去抽,再以等體積下去做elution,理論上可以測。但是
11/09 10:45, 4F

11/09 10:45, , 5F
要是考慮到kit每管抽的效果差異與除了菌以外的DNA含量比例
11/09 10:45, 5F

11/09 10:45, , 6F
影響,數據應該不會太好看。
11/09 10:45, 6F

11/09 11:05, , 7F
也可以進行enrichment的動作,但成本就會拉高很多
11/09 11:05, 7F

11/20 08:30, , 8F
直接做NGS. 逃
11/20 08:30, 8F
文章代碼(AID): #1MEoCz9S (Biotech)
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