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抽total RNA / NGS

看板Biotech (生命科學)作者 (Sarah)時間9年前 (2016/10/12 19:40), 編輯推噓12(12推 0噓 37→)
留言49則, 13人參與, 最新討論串1/1
因最近要送NGS 的sample, 上機前要先過QC檢測 送了幾次都沒過，似乎是28s18s 太低 造成RIN值很低（一般要7以上） 廠商建議多加RNase inhibitor 但是實驗室平常跑PCR時都沒有用 想問各位抽RNA時都有用嗎？有沒有建議的廠牌？ 有人送過NGS的sample嗎？ 為了QC已經過了好多時間... -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 1.200.217.25 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1476272419.A.8EB.html
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10/12 20:10, , 1F
用什麼方法抽的RNA?
10/12 20:10, 1F
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10/12 20:57, , 2F
當然要加 你打一次ngs多少錢 一條rnase inh多少錢
10/12 20:57, 2F
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10/12 21:10, , 3F
C大 trizol
10/12 21:10, 3F
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10/12 21:11, , 4F
L大 因為目前在找原因 所以不知道是不是因為這個原因，
10/12 21:11, 4F
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10/12 21:11, , 5F
也不知道是不是大家都會這樣做，謝謝
10/12 21:11, 5F
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10/12 21:14, , 6F
甚麼樣本啊?我們之前Trizol根本不合XD
10/12 21:14, 6F
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10/12 21:28, , 7F
H大 是human 的cell line
10/12 21:28, 7F
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10/12 21:53, , 8F
我以為troubleshooting應該會把實驗流程試劑廠牌細節交代
10/12 21:53, 8F
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10/12 22:55, , 9F
沒有... 很多事情都沒說～就是要我們重新送...
10/12 22:55, 9F
推
10/12 23:09, , 10F
RNase Inhibitor應該沒問題,但抽cell line的RNA 不應該
10/12 23:09, 10F
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10/12 23:10, , 11F
有這種狀況, 看看你們用的reagent本身是不是有問題
10/12 23:10, 11F
推
10/13 01:39, , 12F
cell line抽RNA RIN小於9都很有問題了
10/13 01:39, 12F
推
10/13 09:15, , 13F
有預算做NGS要不要直接買kit抽?troubleshooting這種
10/13 09:15, 13F
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10/13 09:15, , 14F
事實在不值得....
10/13 09:15, 14F
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10/13 09:16, , 15F
細胞生長的狀態如何等等的，像樓上的版友們說的，
10/13 09:16, 15F
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10/13 09:16, , 16F
資訊越多大家越容易隔空抓藥~
10/13 09:16, 16F
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10/13 09:42, , 17F
謝謝大家！！大家願意互相提供意見，我真的很開心！
10/13 09:42, 17F
推
10/13 17:07, , 18F
上哪一間NGS就用他們家的kit 過不了就叫他們處理
10/13 17:07, 18F
推
10/14 08:43, , 19F
baseline 乾不乾淨
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10/14 08:44, , 20F
某些組織本身28S/18S就不會很高 所以會加看18S 28S之間的
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10/14 08:45, , 21F
baseline 乾不乾淨
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10/14 08:53, , 22F
通常送NGS的RNA會建議用通column的純化方式
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10/14 08:53, , 23F
而且還要處理DNase !
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10/14 09:02, , 24F
j大 都丟給廠商處理 廠商會很頭大....
10/14 09:02, 24F
推
10/14 14:06, , 25F
這不就是賣特殊純化kit的好時機嗎? (逃)
10/14 14:06, 25F
推
10/14 20:56, , 26F
跟服務商聊聊你們的檢體吧 ，為了賺你們的錢，他會問全
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10/14 20:56, , 27F
台灣相關的實驗室
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10/14 20:57, , 28F
買qiagen 看論文都用這款
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10/14 21:38, , 29F
謝謝～ 今天我用kit M.N.的抽了！！下週一送sample再告
10/14 21:38, 29F
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10/14 21:38, , 30F
訴大家好不好～～～
10/14 21:38, 30F
推
10/16 06:57, , 31F
也有聽到沒用fiter tip所以不過的例子
10/16 06:57, 31F
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10/16 12:00, , 32F
C大！真的嗎！我好害怕明天送出又有問題！
10/16 12:00, 32F
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10/17 14:25, , 33F
更正通常頭大的是實驗室裡的技術員 QQ
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10/17 14:26, , 34F
真的是要常常找各家kit的供應商....
10/17 14:26, 34F
推
10/17 20:43, , 35F
我後來要送NGS的樣本，尤其是像transcriptome所需的RNA
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10/17 20:44, , 36F
我都直接花錢請廠商代抽了，大錢都砸了，何苦省個小錢
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10/17 20:44, , 37F
搞到不乾淨的樣本然後毀了NGS結果？
10/17 20:44, 37F
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10/17 21:00, , 38F
W大！我問過他們 是否可以抽，但是他們回應我是說不行
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10/17 21:00, , 39F
他們都收total RNA 沒幫忙代抽
10/17 21:00, 39F
推
10/17 23:15, , 40F
可代抽DNA/RNA的廠商很多，我曾請A廠商代抽後拿給B廠商
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10/17 23:16, , 41F
做NGS分析，結果好好的。
10/17 23:16, 41F
推
10/18 03:50, , 42F
細胞RNA應該輕鬆過RIN9才對... 如果你是要跑特別一點的
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10/18 03:50, , 43F
找上機的廠商問清楚...說實在的 sample沒了才是大問題
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10/18 09:24, , 44F
好！真是感謝各位！如果這次結果不好！就請廠商抽！一
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直要自己抽是因為，學長姐一直覺得他們的protocol是沒
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10/18 09:24, , 46F
問題的，但是看起來還是有些改善空間～
10/18 09:24, 46F
推
10/20 00:09, , 47F
除非是特殊檢體(如液態檢體)要不然就直接Qiagen抽
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10/20 00:53, , 48F
謝謝！！上次用kit 現在是level A !! 如果需要或有同
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10/20 00:53, , 49F
樣問題可以站內！
10/20 00:53, 49F
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