[求救] plasmid extraction quality膠圖判讀

看板Biotech (生命科學)作者 (葉綠體)時間9年前 (2016/08/23 21:09), 9年前編輯推噓3(308)
留言11則, 4人參與, 最新討論串1/1
之前做了好幾次plasmid extraction, 然後將沒經過限制酶剪切的plasmid去跑膠做quality check, 發現膠圖總會有3條band。 膠圖如連結:http://goo.gl/wdfQv9 查了板上先前的舊文及估狗資料, plasmid在跑膠會有circular single stranded、supercoiled、covalently bonded、 linear及nicked 5種form (條帶)。 但為甚麼每次做出來的膠圖只看到3個band? (Q1) 此三條band 由上至下是否分別代表nicked、linear及supercoiled (Q2) 此外為何沒有限制酶剪切的plasmid會有linear 及nicked form存在? (Q3) 另外,看網路上的plasmid膠圖 supercoiled form 與其他form 的距離很明顯都會拉很開, 但我跑出來的膠(1% agarose gel, 100 V, 400 mA, run 30 min) 第一條和第二條band距離相當接近 (plasmid大小約為3.4 Kb) 讓我相當困惑第一條band到底是不是supercoiled form? (Q4) 以上4個問題還請大加麻煩幫我開釋解惑一下! 如果認知上有錯也麻煩糾正, 謝謝! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 61.216.40.23 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1471957752.A.CA2.html

08/23 21:48, , 1F
你要把膠圖拿出來吧,又不是每個人都能通靈
08/23 21:48, 1F

08/23 22:28, , 2F
我有時候沒切就只有一條了囧
08/23 22:28, 2F

08/23 22:28, , 3F
看不到不代表沒有 可能量太少
08/23 22:28, 3F

08/24 05:57, , 4F
( -3-)y=~~~ 你pipette了嗎? 難怪三條...
08/24 05:57, 4F

08/24 06:05, , 5F
上圖
08/24 06:05, 5F
※ 編輯: fishg1216 (61.216.40.221), 08/24/2016 21:27:06

08/25 05:13, , 6F
load太多... 這marker是1k linear的嗎?
08/25 05:13, 6F

08/25 05:13, , 7F
多跑一條supercoil marker看看?
08/25 05:13, 7F

08/25 07:33, , 8F
Marker拿錯了?Samples 量太多,取個1/10再跑一遍,45 mins
08/25 07:33, 8F

08/25 07:39, , 9F
再來就是感覺膠體不只 1% 了。
08/25 07:39, 9F

08/25 07:56, , 10F
最下方那個有可能是single strand circular form。有可能是
08/25 07:56, 10F

08/25 08:00, , 11F
因為 sol'n I 加下去時處理不當導致。
08/25 08:00, 11F
文章代碼(AID): #1Nl4huoY (Biotech)
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