[求救] 抽plasmid之後跑PCR確認,其位置亂跑

看板Biotech (生命科學)作者 (小Q)時間9年前 (2016/08/29 17:24), 編輯推噓2(207)
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各位大大,小弟目前遇到問題 我把miRNA去與vector做ligation之後,去做transformation,不知為何只有養出3 個colony(養在含有AMP抗生素的LB agar中),分別把3 colony去養在LB broth o/n, 隔天把3個菌液去抽plasmid,抽完plasmid的DNA去跑PCR確認其大小,發現跑出來的band 與ligation之後去跑PCR的band的位置很不一致。 ligation的target gene位置:200~250bp 抽plasmid的target gene位置: 900~950bp 請問這是問到怎樣的狀況才會導致經由養菌之後target gene位置會改變? 麻煩各位大大授業解惑一下 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.121.113 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1472462670.A.F89.html

08/29 18:52, , 1F
shRNA?
08/29 18:52, 1F

08/29 18:54, , 2F
要不要把insert用限制酶切下來試試看
08/29 18:54, 2F

08/29 20:55, , 3F
送定序
08/29 20:55, 3F

09/18 19:12, , 4F
看看你的primer是不是黏到plasmid上啦~
09/18 19:12, 4F

09/23 19:59, , 5F
你的vector是lentiviral vector嗎?如果是那請改用stbl3或H
09/23 19:59, 5F

09/23 19:59, , 6F
B101之類的competent cell,以避免DNA重組的發生;如果不是
09/23 19:59, 6F

09/23 19:59, , 7F
lentiviral vector,則注意colony是否特別小或特別大,有可
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能只是雜菌
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09/24 12:43, , 9F
用stbl1 competent cell看看呀
09/24 12:43, 9F
文章代碼(AID): #1Nm_zE-9 (Biotech)
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