[求救] 用Oligo dT跟一Forward primer取代3' RACE

看板Biotech (生命科學)作者 (phoebe)時間9年前 (2016/09/04 17:17), 9年前編輯推噓3(3016)
留言19則, 5人參與, 最新討論串1/1
大大們好: 想請問有人有用過oligo dT跟Sequence裡的forward primer去跑PCR 夾出用oligo dT轉出的cDNA(RNA有poly A tail)嗎 會這麼做是有點想避開3' RACE,而且實驗室有人有成功過(雖然是不同的RNA) 不知道有沒有經驗可以分享一下 我之前做常會遇到well很亮,但沒有band的情形 用了hot start 步驟大概是: PCR mixture (GeneDirex HiFi系列) without polymerase 95度C 4 min後迅速放回冰上 再把polymerase加進去,然後on一般的program (initial denature, denature...) 結果well卡章的情形有好轉,目標band也慢慢出來了,只是亮度都很淡而且有雜band 所以就提高了annealing temperature(55-->60),雜band有減少,但目標band還是不亮 因為實驗需要定序RNA的全長,這個片段需要被Clone出來 希望PCR product的量能多一點 不知道有沒有人有甚麼方法可以幫忙改善這個情形 或類似經驗可以分享的,謝謝! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.96.149 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1472980634.A.6AB.html ※ 編輯: kaofei (140.112.96.149), 09/04/2016 17:17:54

09/04 23:09, , 1F
RACE就多屁股的Anchor而已...多跑一圈乾淨很多
09/04 23:09, 1F

09/04 23:11, , 2F
況且你都用Hifi在跑了 多跑一次跑嘛跑嘛
09/04 23:11, 2F

09/05 00:09, , 3F
推樓上XD
09/05 00:09, 3F

09/05 00:11, , 4F
或是多換幾種polymerase跑啊 有時候便宜的才跑得出來
09/05 00:11, 4F

09/05 00:18, , 5F
了解,所以不用擔心多跑一次序列可能出錯嗎?或者HiFi超威?
09/05 00:18, 5F

09/05 00:18, , 6F
還是因為我要先切膠純化的關係@@",這樣是不是會比較保險
09/05 00:18, 6F

09/05 00:47, , 7F
只要你的error rate<10^-4 第一次做錯的在第二輪會被
09/05 00:47, 7F

09/05 00:48, , 8F
稀釋到不見 就切正確的size多挑幾個clone定序囉
09/05 00:48, 8F

09/05 00:50, , 9F
我想問問你為什麼會想避開 3' RACE ?
09/05 00:50, 9F

09/06 09:03, , 10F
主要是如果這樣做得出來,就不用再多買個kit,單純經濟些
09/06 09:03, 10F

09/06 09:04, , 11F
沒甚麼太厲害的理由其實XD"
09/06 09:04, 11F

09/06 10:58, , 12F
咦?不是只要多訂一條帶有 adapter 的 dT primer 嗎?
09/06 10:58, 12F

09/06 13:58, , 13F
3'race不用kit...上網找manual, 定primer 就好
09/06 13:58, 13F

09/06 15:31, , 14F
XD" 了解,抱歉學藝不精,會再努力的,謝謝!
09/06 15:31, 14F

09/06 18:44, , 15F
目標產物有多長?會不會有 isoforms?
09/06 18:44, 15F

09/06 21:24, , 16F
大概1600 bp,isoform是指@@"...抱歉這部分還沒很了解orz
09/06 21:24, 16F

09/06 22:02, , 17F
你去 NCBI 找你的目標基因(記得選對物種)點進去看,
09/06 22:02, 17F

09/06 22:02, , 18F
Genomic regions, transcripts, and products 欄位如果
09/06 22:02, 18F

09/06 22:02, , 19F
你的基因有超過一條線,就是有 RNA isoform
09/06 22:02, 19F
文章代碼(AID): #1No-QQQh (Biotech)
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