[求救] NHEJ assay 原理看不太懂

看板Biotech (生命科學)作者 (小厚)時間9年前 (2016/10/17 18:34), 編輯推噓0(0020)
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大家好 小弟最近在讀一篇paper 上面有做了NHEJ assay 大概就是說某個基因會加速NHEJ 把那個基因抑制之後發現細胞colony變少 做法是使用兩組細胞 一組control 一組siXXXX (那個基因) 然後另外使用G418去篩選 最後觀察到有G418 也有siXXXX的細胞 colony最少 原文是這樣說 : Cells were transfected with a linearized vector harboring a neomycin-resistant gene and an siRNA targeting XXXX (基因) In the presence of neomycin, only cells that can integrate the plasmid via NHEJ survive 所以我又去查了他transfect什麼plasmid 結果是這個 : BamHI-XhoI linearized pEGFP-C1 我不懂的是 這個plasmid看起來就是表現GFP 那他要怎麼篩出 只經由NHEJ存活下來的細胞? 不知道有沒有做過這個實驗的學長姊 我看好久還是不太懂 麻煩各位解惑了!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 1.160.18.195 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1476700443.A.771.html

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你看一下pEGFP-C1的map,應該有標著Neo resistant
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嗯嗯我有看到 但是不懂和NHEJ有什麼關係
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應該說 沒有那個plasmid的細胞會被G418殺死 但是剩下有p
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lasmid的細胞為什麼就和NHEJ有關
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"Vector considerations" 裡有寫,linear 的 vector 在
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細胞中沒辦法維持太久,所以如果細胞沒有靠 NHEJ 把它
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修補回 circular,這個 vector 就會很快被降解掉。
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所以用 G418 下去篩活的下來的都是 NHEJ 能力好的細胞
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實驗設計B-Xcut應該是為了不想直接接成circular,而且就算
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是接成circular,naked plasmid也大概只能保留一週就降解掉
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所以應該不是上面說的
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這plasmid目的還是genome integration為主;一般要嘛以同源
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互換,或非同源嵌入(NHEJ),所以G418是要篩出有進到genome
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的細胞,因為pEGFP沒也設計同源序列,所以推論透過NHEJ機制
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不過這個不是良好的NEHJ assay
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後來看一些資訊 似乎是有用限制酶去切plasmid 如果NHEJ
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活躍的話會把plasmid重新接上 才不會被G418殺ㄙ
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文章代碼(AID): #1O1AaRTn (Biotech)
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