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[求救] 能預測DNA BS序列的網站

看板Biotech (生命科學)作者 (蒼天的巴爾孟克)時間8年前 (2017/03/27 16:29), 8年前編輯推噓9(9推 0噓 27→)
留言36則, 8人參與, 最新討論串1/1
小弟最近收到BOSS的一個命令 是要尋找某protein在miRNA gene上是否有Binding site 然後找廠商將這段序列設計成luciferase repoter 我從human, rat, mouse都找不到此protein在這miRNA gene上有Binding site 將近崩潰的情況下，從JASPAR網站發現有可以直接找protein Binding site sequence 的功能 大吃一驚下去搜尋....結果只有果蠅上有 QQ 不知道各位大大有沒有推薦像這樣從Transcription factor去找binding stie sequence 的網站可用? p.s 小弟是從ensembl找到miRNA的整段序列(包含EXON INTRON)，接著把序列貼上JASPAR & AliBaba 2.1，還有ALFGGE PROMO 三個找TFBS的網站，但是都沒有我想要的結果 p.s.2 不打上protein跟miRNA名稱是怕被大大誤以為工作不自己做。 造成閱讀上不便，請見諒 -- → wwwea:真是 你都作弄五樓 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 117.19.178.102 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1490603379.A.32B.html
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03/27 16:33, , 1F
protein跟miRNA不打沒關係,但BS是什麼應該打一下
03/27 16:33, 1F
sorry,我以為講到Transcription factor,打BS大家就會懂是binding site ※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 16:42:59
推
03/27 17:03, , 2F
個人感覺上，原po要不要確認一下老闆要的是什麼呢？一
03/27 17:03, 2F
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03/27 17:03, , 3F
般miRNA luciferase assay指的是把被miRNA target的mRN
03/27 17:03, 3F
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03/27 17:03, , 4F
A序列(通常是3‘ utr)放到luciferase的3’ utr，再以lu
03/27 17:03, 4F
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03/27 17:03, , 5F
ciferase activity來判斷miRNA是否針對該序列有抑制效
03/27 17:03, 5F
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03/27 17:03, , 6F
果喔。
03/27 17:03, 6F
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03/27 17:04, , 7F
這個目的的話用TargetScan就可以了
03/27 17:04, 7F
大大您好，已經跟老闆確認過了 他是想知道這個Transcription factor binding site是否存在miRNA的promoter上
推
03/27 17:19, , 8F
miRNA是post transcriptional而不是post translationa
03/27 17:19, 8F
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03/27 17:19, , 9F
l吧?
03/27 17:19, 9F
我以為這跟我的問題沒有關聯，不知道大大所指的意思是?
推
03/27 19:55, , 10F
你是指Ago protein?
03/27 19:55, 10F
其實就是一般Transcription factor protein，老闆想知道這個protein是否會影響miRNA的 產生
推
03/27 19:59, , 11F
backstab?
03/27 19:59, 11F
請問大大這是甚麼意思? 不好意思，小弟在這部分的知識可能不太足，請大大見諒 ※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 20:07:04 ※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/27/2017 20:12:26
推
03/27 20:57, , 12F
直接找該轉錄因子的功能鑑定paper呢?
03/27 20:57, 12F
這我有去找，但頂多找到該TF對某些protein&miR有影響，不知道是我關鍵字打錯 還是真的目前都沒人做到這塊 → blence: 已經排除這不是intronic miR嗎? 找廠商做是Lab缺乏技術? 03/27 20:57
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03/27 20:57, , 13F
是protein(TF)與miRNA已知,想建立調控關聯? 物種是?
03/27 20:57, 13F
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03/27 21:06, , 14F
以一般Lab操作,當protein(TF)與目標基因是已知,就不太需要
03/27 21:06, 14F
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03/27 21:07, , 15F
花時間預測了,直接接serial construct看能不能被protein影
03/27 21:07, 15F
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03/27 21:10, , 16F
響即可,畢竟在兩個都已知時,就算預測不如意,實驗也是要試
03/27 21:10, 16F
BOSS的想法是參考Nat Med. 2012 Jul;18(7):1077-86. doi: 10.1038/nm.2815. 這篇PAPER，此篇是預測了NFkB在miR-23b gene上的binding site，然後去測試 IL10對其有無影響 因此需要BS sequence
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03/27 21:18, , 17F
你是要找miRNA gene上的binding site還是miRNA上的bin
03/27 21:18, 17F
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03/27 21:18, , 18F
ding site??
03/27 21:18, 18F
要找miRNA gene上的binding site
推
03/28 01:53, , 19F
有點看不懂。如果你想找miRNA "Promoter"上是否有某蛋
03/28 01:53, 19F
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03/28 01:53, , 20F
白的binding site，為何拿intron/exon序列去找？應該是
03/28 01:53, 20F
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03/28 01:53, , 21F
用promoter序列才對吧？
03/28 01:53, 21F
我是直接把Ensembl所得的sequence整個貼上去搜尋，因為一開始只拿起始點前的序列 結果都沒有，後來乾脆全部搜尋看看
推
03/28 03:18, , 22F
要找已知TF是不是會bind的話做ChIP-qPCR或撈ChIP-seq
03/28 03:18, 22F
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03/28 03:19, , 23F
但你即使找到TF binding site clone出來做reporter也不
03/28 03:19, 23F
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03/28 03:19, , 24F
一定specific，細胞實驗的話要不要直接KI LacZ或GFP算
03/28 03:19, 24F
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03/28 03:19, , 25F
了……
03/28 03:19, 25F
推
03/28 03:22, , 26F
是說單要找有沒有binding直接到GEO dataset下你的TF當
03/28 03:22, 26F
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03/28 03:22, , 27F
關鍵字多半有人做過，不過這離reporter還有一段距離就
03/28 03:22, 27F
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03/28 03:22, , 28F
是了
03/28 03:22, 28F
這只能碰碰運氣了，目前是要先想辦法找出BOSS想要的東西，之後再說 ※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/28/2017 07:58:54
推
03/28 07:54, , 29F
贊成egoweaver大的建議。
03/28 07:54, 29F
※ 編輯: wingthink (117.19.178.102), 03/28/2017 07:59:43
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03/28 10:10, , 30F
我覺得你的想法不對,該paper會先知道該seq有reporter活性
03/28 10:10, 30F
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03/28 10:14, , 31F
才會去預測TFBS以及突變;可是你們應該還沒測過reportr活性
03/28 10:14, 31F
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03/28 10:20, , 32F
而且就算沒有直接的TFBS,還有也有間接的cofactor BS可試
03/28 10:20, 32F
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03/28 15:22, , 33F
這是BOSS的想法啦，我只是照他指示去做，而且該PROTEIN
03/28 15:22, 33F
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03/28 15:22, , 34F
好像是最近幾年才比較多人研究的樣子，很少有這方面的
03/28 15:22, 34F
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03/28 15:22, , 35F
資訊
03/28 15:22, 35F
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03/28 19:40, , 36F
就跟boss講沒有binding site啊 不要cherrypick
03/28 19:40, 36F
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