[方法] DNA purification(~30kb)

看板Biotech (生命科學)作者 (phoebe)時間8年前 (2017/05/07 11:36), 編輯推噓0(0012)
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大家好,前情提要如下: 我用T4 ligase黏了一段大概近30kb的dsDNA 之後要做in vitro transcription 理論上我應該要跑膠切膠純化...= = 但這個步驟感覺會lose很多 (看到比較適合的是Zymo的,約50-70%大片段回收率) 所以我就只純化接著往後做看看 所以我想問的是 我看qiagen blood & tissue他們elute最主要的就是約30kb的DNA 但第一次離心前我應該要有個DNA binding的動作 blood & tissue裡沒有 我想到的作法是: 1. ligation 200+ 加酒精 200跟buffer AL 200 離心然後之後AW1、AW2... 2. ligation 100+ mini裡的PB binding buffer 500,離心,然後AW1、AW2... 3. Isopropanol沉澱法 但我不是很熟要怎麼調整鹽類的濃度...有人可以指點我一下嗎orz 不知道有沒有人這樣modify過或類似經驗可以分享看看 謝謝>"< -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.96.149 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1494128177.A.76E.html

05/07 18:42, , 1F
你是黏完linear的直接做ivt? 不先clone起來?
05/07 18:42, 1F

05/07 18:45, , 2F
isopropanol precipitation有鹽沒鹽基本上沒差反正你
05/07 18:45, 2F

05/07 18:45, , 3F
要調整到300mM NaOAc (或其他適合的鹽)
05/07 18:45, 3F

05/08 09:20, , 4F
30kb要clone的話就要用pBAC了吧...但我家沒有那種Vector
05/08 09:20, 4F

05/08 09:21, , 5F
所以只要加NaOAc就好~但又有沒加沒差是說沒有也可以囉XD"?
05/08 09:21, 5F

05/08 15:39, , 6F
你裡面原本有什麼鹽沒差 不加naoac你就等著離半天都
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離不出東西XD
05/08 15:39, 7F

05/08 15:41, , 8F
我是覺得想辦法clone起來比較好 如果你下游出錯你還要
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05/08 15:41, , 9F
從ligation開始做 感覺很蠢
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05/08 18:49, , 10F
同推先 clone 出來。30 kb 有 mutation 怎麼辦?
05/08 18:49, 10F

05/08 18:50, , 11F
然後建議用 QIAEX II,最大可以抓到 50 kb。
05/08 18:50, 11F

05/08 18:51, , 12F
實戰用過 55 kb 沒問題。
05/08 18:51, 12F
文章代碼(AID): #1P3fOnTk (Biotech)
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