[求救] GROMACS問題請教

看板Biotech (生命科學)作者William8182 (威廉)時間8年前 (2017/05/07 20:24)推噓4(4推 0噓 13→)

留言17則, 3人參與討論串1/1

本人接觸gromacs的經驗不算很多，若問題太基本還請見諒>< 最近在用gromacs 4.5.3 跑蛋白質的mds 而在我要用pdb2gmx為蛋白質過力場的時候，出現了以下error: Fatal error: Atom OXT in residue SER 173 was not found in rtp entry SER with 8 atoms while sorting atoms. 照以上敘述來看，原先我的理解是，我要過力場的pdb檔案在residue 173有個原子的類型OXT並未包含在我選用的力場GROMACS96 45a3 force field裏面所以我應該只要把pdb檔裏出現OXT處進行修改或刪除應該就可以了然而，在我檢查我的pdb檔案中時，卻未發現任何OXT的影子這讓我有點無從下手找了相關的國外網站發現其實也有其他人碰類似問題，但都在討論之後沒有下文還拜託板上的GROMACS高手幫幫忙了>< 另外我也想請問如果要看rtp檔的話該去哪裡看呢? 以前對此檔案類型不甚熟悉，只知道他有包含到residue的一些參數但想說問題會不會是出在這裡，也麻煩大家了十分感謝! 第一次在這裡發文，如有不妥還請見諒，資訊或有提供不足也麻煩再跟我說我再立即補上! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 219.84.246.85 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1494159847.A.288.html

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其實我跑的這個蛋白質是一個Dimer，由兩個有173的residue的殘基所組成，所以這樣來看的話173的確是C-terminus,不曉得這跟您說的是否有關?><小弟跑gromacs經驗不多還請見

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Godkin

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不好意思想請問G大所謂force field 的描述檔就是atp檔嗎，還是是其他的檔案呢？另外請 atp檔也是在安裝目錄裡面才有嗎?因為我剛剛找沒有找到(不知道是不是找的方式不對>< ※ 編輯: William8182 (1.34.243.245), 05/08/2017 11:17:23 ※ 編輯: William8182 (223.137.48.10), 05/08/2017 11:19:00

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