[求救] 使用Galaxy無法input reference genome

看板Biotech (生命科學)作者keroromoa (夏天一到就凸顯自己很魯)時間8年前 (2017/08/22 13:24)推噓3(3推 0噓 1→)

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小弟目前正在使用Galaxy proteogenomics進行分析測試，由於不確定Galaxy能夠input多大的data，所以目標是在實驗室架設主機，將Galaxy tutorial的workflow複製到實驗室的server http://js-157-167.jetstream-cloud.org/　（需要註冊才能查看tutorial workflow）將workflow所需要的tool全部都安裝完後，發現大多數的tool在select a reference genome(annotation)全都顯示空白，如附圖所示紅框中，Galaxy主機在各個tool的reference genome(annotation)中都有出現相關的索引 http://imgur.com/NoNNgFe

http://imgur.com/RIgFN6f

http://imgur.com/SWYyas8

綠框中，實驗室的主機在各個tool的reference genome(annotation)中都呈現空白 http://imgur.com/gahVZAX

http://imgur.com/Ne5quYH

http://imgur.com/KSxIpr4

接著參考這個教學，https://goo.gl/QCxU9e，用data manager來建立built-in genomes 可是按照教學先從UCSC/NCBI存在的資料庫import進去，不管怎麼修改DBKey或accession number都是無限error http://imgur.com/jCHi0Xt

於是自己從UCSC下載hg38 fasta file，用new的方式import http://imgur.com/Tm54uhG

雖然成功了，但是workflow相關的tool（Bowtie2、BWA）卻依舊No options available http://imgur.com/YipCPjW

http://imgur.com/44HRLNN

在只能用遠端連線而無法動主機在linux上輸入指令的情況下，請問各位前輩還有什麼方法能解決嗎？雖然裡面有說請直接聯繫Galaxy，可是那個意思看起來比較像如果題目較冷門找不到reference genome可去聯繫，不過我想要的reference genome只是很基本的human GRCh38（hg38）啊...謝謝大家~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 163.25.93.81 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1503379469.A.8E5.html ※ keroromoa:轉錄至看板 BioMedInfo 08/22 13:25

推

lingon

08/23 02:21, , 1^F

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推

lingon

08/23 02:24, , 2^F

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推

lelojack

08/25 11:00, , 3^F

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