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[求救] 請問進行蔨種鑒定 NGS及MOLDI -TOF

看板Biotech (生命科學)作者 (ININ)時間7年前 (2018/01/18 01:47), 7年前編輯推噓11(11推 0噓 15→)
留言26則, 10人參與, 7年前最新討論串1/1
s- 請問進行細菌 真菌 及古細菌菌種鑒定時， 該選擇 NGS或MOLDI -TOF呢 送驗之樣本用這兩種方式測到不同的結果 故有此困惑，先感謝感謝版大們之解惑了！！ s- s- ----- Sent from JPTT on my Sony G3426. -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 115.82.211.240 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1516211270.A.CD1.html ※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:49:37
推
01/18 08:43, 7年前 , 1F
NGS 無誤
01/18 08:43, 1F
→
01/18 16:41, 7年前 , 2F
鑑定有需要打到ngs嗎...
01/18 16:41, 2F
推
01/18 18:14, 7年前 , 3F
NGS
01/18 18:14, 3F
→
01/18 21:53, 7年前 , 4F
感謝板大們回覆
01/18 21:53, 4F
→
01/18 21:53, 7年前 , 5F
我送驗的樣本是含多種未知菌的複合樣本故先送NGS檢測後
01/18 21:53, 5F
→
01/18 21:54, 7年前 , 6F
驗出其中有腸球蔨屬之糞腸球菌，於是委託廠商以腸球蔨屬
01/18 21:54, 6F
→
01/18 21:54, 7年前 , 7F
的培養基分離，並再以malditof蛋白圖譜去鑑種作二次確認
01/18 21:54, 7F
→
01/18 21:54, 7年前 , 8F
，結果打出來的93個點都顯示是另一種菌：耐久腸球蔨，接
01/18 21:54, 8F
→
01/18 21:54, 7年前 , 9F
下來就卡關了 板大們建議以何種方式往下驗證呢？感激不盡
01/18 21:54, 9F
推
01/18 23:35, 7年前 , 10F
未知的話NGS無誤, NGS->ID->Validate(qPCR/clone)->seq
01/18 23:35, 10F
推
01/19 07:32, 7年前 , 11F
臨床客戶,如果遇到生化跟Modi tof結果不一致,16s seq結
01/19 07:32, 11F
→
01/19 07:32, 7年前 , 12F
果當標準
01/19 07:32, 12F
→
01/19 07:33, 7年前 , 13F
建議你用Sanger seq定序培養出的clone
01/19 07:33, 13F
→
01/19 12:49, 7年前 , 14F
L大您說的是已純化菌落的16s seq還是複雜樣本直接打NGS的
01/19 12:49, 14F
→
01/19 12:49, 7年前 , 15F
16s seq跟Molditof比時以16s seq為準呢
01/19 12:49, 15F
→
01/19 12:49, 7年前 , 16F
（我們送驗—Molditof的樣本是已純化分離出來的菌落）
01/19 12:49, 16F
→
01/19 12:49, 7年前 , 17F
感謝您
01/19 12:49, 17F
推
01/19 13:55, 7年前 , 18F
這邊指16s seq是PCR產物做Sanger
01/19 13:55, 18F
推
01/19 13:57, 7年前 , 19F
簡單來說 菌種檢定 Sanger法比moditof 準
01/19 13:57, 19F
推
01/19 14:01, 7年前 , 20F
以你的例子,建議用Sanger做菌種檢定,而moditof是用來做
01/19 14:01, 20F
→
01/19 14:01, 7年前 , 21F
初篩
01/19 14:01, 21F
推
01/20 02:37, 7年前 , 22F
seq分離後的菌看是否跟TOF的一致 有些菌分離反而培養
01/20 02:37, 22F
→
01/20 02:37, 7年前 , 23F
不起來
01/20 02:37, 23F
推
01/21 00:44, 7年前 , 24F
請問一下文中的moldi-tof還是maldi-tof?
01/21 00:44, 24F
推
01/21 18:52, 7年前 , 25F
Maldi-tof
01/21 18:52, 25F
推
05/18 12:14, 7年前 , 26F
NGS做16S
05/18 12:14, 26F
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