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[求救] 想從轉錄體釣取表現的基因

看板Biotech (生命科學)作者 (Tsuna00521)時間5年前 (2019/03/18 16:02), 編輯推噓4(4推 0噓 7→)
留言11則, 4人參與, 5年前最新討論串1/1
小弟目前有個專題 要分析細菌可能產出的代謝物 想從genome去尋找gene cluster 目前已知在特定環境下能產生具功能性的代謝物(結構與種類無法鑑定出來) 想偵測該環境下會表現的基因來縮小範圍 (並非比較不同狀況下基因的表現差異 只是想知道有誰會表現而已) 但過去沒有相關實驗經驗 想詢問板上大大們 使用RNA-seq還是microarray比較好？ 謝謝大家 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 49.216.20.172 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1552896126.A.37A.html
推
03/18 19:33, 5年前 , 1F
array有你的細菌版本嗎？ 原核生物我覺得只有rna-seq，
03/18 19:33, 1F
→
03/18 19:33, 5年前 , 2F
沒有其他選擇
03/18 19:33, 2F
推
03/18 21:31, 5年前 , 3F
是說就算有candidate gene要infer代謝物還是超難吧
03/18 21:31, 3F
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03/18 22:31, 5年前 , 4F
確實如樓上大大所述 雖然網路上有一些database可以推
03/18 22:31, 4F
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03/18 22:31, 5年前 , 5F
測代謝物 但是目前資訊仍然嚴重不足 只是老闆還是想要
03/18 22:31, 5F
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03/18 22:31, 5年前 , 6F
賭賭看
03/18 22:31, 6F
推
03/19 00:48, 5年前 , 7F
資料庫不足嗎？ 一般而言細菌基因-代謝物資料庫相對非
03/19 00:48, 7F
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03/19 00:48, 5年前 , 8F
模式生物而言是完整的，可能要看你怎麼定義什麼是完整
03/19 00:48, 8F
推
03/19 08:48, 5年前 , 9F
genome 拿去database推生合成gene cluster後 RNA-seq
03/19 08:48, 9F
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03/19 08:48, 5年前 , 10F
可以輔助你縮小可能的cluster但想要知道是什麼化合物
03/19 08:48, 10F
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03/19 08:48, 5年前 , 11F
還是老實的分純鑑定吧
03/19 08:48, 11F
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