PTT職涯區 / Biotech (生命科學)

[討論]不太懂 RNA pull down assay

看板Biotech (生命科學)作者 (Shofu)時間5年前 (2019/04/14 22:19), 編輯推噓3(3推 0噓 12→)
留言15則, 3人參與, 5年前最新討論串1/1
看paper時看到一個RNA pull down assay的技術 餵狗之後大部分都是看protein-protein interaction的pull down 只有在到thermo官網看到RNA pull down assay的簡介 不太懂的是這個技術到底是從已知的RNA去找未知的protein 還是兩者都未知 然後magnetic bead是用磁力把他抓下來還是?? 謝謝各位大大 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 182.234.150.22 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1555251562.A.758.html
→
04/15 02:19, 5年前 , 1F
您的理解要從兩面向思考您會更清楚，RNA 已知，形成RNA
04/15 02:19, 1F
→
04/15 02:19, 5年前 , 2F
protein complex. 怎麼找未知protein ？MS Protein ID
04/15 02:19, 2F
→
04/15 02:23, 5年前 , 3F
Protein 用已知的，然後將Protein RNA complex 抓下來，
04/15 02:23, 3F
→
04/15 02:23, 5年前 , 4F
coat on beads ，然後去把RNA序列解出來，但是未知的RNA
04/15 02:23, 4F
→
04/15 02:23, 5年前 , 5F
要怎麼定序，這就不清楚了，沒有primer 的序列無法放大
04/15 02:23, 5F
→
04/15 02:23, 5年前 , 6F
那個未知的片段。
04/15 02:23, 6F
推
04/15 03:06, 5年前 , 7F
樓上 通常這種抓下來會ligate上dna oilgo再pcr送ngs
04/15 03:06, 7F
推
04/15 03:08, 5年前 , 8F
兩種都有 現在也開始有系統生物學方法開始大規模看全
04/15 03:08, 8F
→
04/15 03:08, 5年前 , 9F
部的RNP
04/15 03:08, 9F
推
04/15 06:11, 5年前 , 10F
beads最常見是coat streptavidin, magnetic只是方便你
04/15 06:11, 10F
→
04/15 06:11, 5年前 , 11F
wash, 用一顆磁鐵就可以拉下來不用離心
04/15 06:11, 11F
→
04/17 01:12, 5年前 , 12F
這技術主要是以已知RNA為象去抓下RNA-protein complex中的東
04/17 01:12, 12F
→
04/17 01:14, 5年前 , 13F
西。細節要看M&M上的描述。一般是看complex上有哪些proteins
04/17 01:14, 13F
→
04/17 01:16, 5年前 , 14F
protein-protein interaction 的pull down用不到RNA。
04/17 01:16, 14F
→
04/17 01:28, 5年前 , 15F
https://bio-protocol.org/e2062 看看這個有沒有用
04/17 01:28, 15F
‣ 更多 shofu0913 的文章
文章代碼(AID): #1Siq5gTO (Biotech)
Biotech 近期熱門文章
更多 近期熱門文章 >>
PTT職涯區 即時熱門文章
更多 即時熱門文章 >>
‣ 更多 shofu0913 的文章
文章代碼(AID): #1Siq5gTO (Biotech)