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[求救] 有關找出co-expressed genes的方法

看板Biotech (生命科學)作者 (熱騰騰的泡麵)時間5年前 (2019/10/05 20:09), 編輯推噓4(4推 0噓 11→)
留言15則, 8人參與, 5年前最新討論串1/1
各位版上專業大大好 想請教如果有找到一個candidated gene 並且想用bioformaticsz方式運用 線上專業資料庫(如TCGA)下載microarray data 如果手邊已經有以上資料 要如何找出與candicated gene 有co-expression的相關genes呢? (看paper是以heatmap或 network呈現，實在很想學) 謝謝QQ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 223.136.181.90 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1570277349.A.073.html
推
10/05 20:23, 5年前 , 1F
co-expression是什麼意思？
10/05 20:23, 1F
→
10/05 20:47, 5年前 , 2F
共同表現的基因
10/05 20:47, 2F
→
10/05 22:26, 5年前 , 3F
TCGA剛好不是array data
10/05 22:26, 3F
推
10/06 15:24, 5年前 , 4F
把各基因的表現量變化用統計方式計算相關性就是了
10/06 15:24, 4F
→
10/06 15:25, 5年前 , 5F
簡易的network只是把有相關性的兩個基因用線相連而已
10/06 15:25, 5F
→
10/06 20:19, 5年前 , 6F
Try WGCNA
10/06 20:19, 6F
推
10/07 21:02, 5年前 , 7F
TCGA有array跟RNASeq,最常用的事WGCNA,不過你想要回答什麼
10/07 21:02, 7F
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10/07 21:02, 5年前 , 8F
什麼問題....
10/07 21:02, 8F
推
10/12 19:42, 5年前 , 9F
其實這個問題沒這麼罪不可赦，只是你不懂怎麼問生物資訊
10/12 19:42, 9F
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10/12 19:42, 5年前 , 10F
的問題，首先你如果有excel可以看相關性（Pearson or sp
10/12 19:42, 10F
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10/12 19:42, 5年前 , 11F
earmen ），找出相關性的基因配對再用cytoscape做網路，
10/12 19:42, 11F
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10/12 19:42, 5年前 , 12F
或者用clust3.0做heatmap， 這些工具我已經點出關鍵字，
10/12 19:42, 12F
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10/12 19:42, 5年前 , 13F
細節跟技巧需要你自己尋找。這就是專業。
10/12 19:42, 13F
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10/13 18:03, 5年前 , 14F
感覺這不是三言兩語可以解決的問題 沒碰過生資不要問我
10/13 18:03, 14F
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10/13 18:03, 5年前 , 15F
?
10/13 18:03, 15F
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