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[求救] 請問k-nearest neighbors圖該怎麼判讀

看板Biotech (生命科學)作者 (顆顆)時間5年前 (2019/10/23 16:53), 編輯推噓4(4推 0噓 9→)
留言13則, 5人參與, 5年前最新討論串1/1
最近看了一篇paper (PMID: 31257031 DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.054) Results的部分有許多kNN graph 查詢了一下發現kNN算是一種演算法 但是找了些資訊還是不太懂該怎麼判讀它的結果 這邊是看immune cells 我自己理解為是在看這些immune cells在此篇研究中的處理後 細胞間相互關係是否改變 但看了看結果圖又總覺得跟我的理解不同 1. https://i.imgur.com/CosBTtL.jpg
2. https://i.imgur.com/KJQrRNF.jpg
像圖1.D及2.C就是在看給予更長週數的HFD後 會表現更多的macrophage 就如圖上綠點增加這樣 我這樣理解是正確的嗎? 還請各位不吝指教 感謝! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.121.122 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1571820822.A.AEB.html
推
10/23 17:59, 5年前 , 1F
那天聽完演講，但不知是否都正確，有請其他人補正惹
10/23 17:59, 1F
→
10/23 18:01, 5年前 , 2F
他是用scRNA-seq 跟Barocde-polydT去分辨不同族群
10/23 18:01, 2F
→
10/23 18:02, 5年前 , 3F
(由於每種cell type表現的RNA都有差異，可以這樣做)\
10/23 18:02, 3F
→
10/23 18:04, 5年前 , 4F
你的判讀是對的: HFD後MΦ上升，Treg跟ILC下降
10/23 18:04, 4F
→
10/23 18:05, 5年前 , 5F
就看哪一區點點變多變少來決定
10/23 18:05, 5F
推
10/23 18:07, 5年前 , 6F
我倒是看不懂2C的heatmap qq求救
10/23 18:07, 6F
推
10/23 21:28, 5年前 , 7F
原來knn可以分這麼好啊
10/23 21:28, 7F
→
10/23 21:54, 5年前 , 8F
2C應該不是簡單的說microphage增加,而是某express cluster
10/23 21:54, 8F
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10/23 21:55, 5年前 , 9F
macrophage
10/23 21:55, 9F
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10/23 21:56, 5年前 , 10F
的macrophage增加,如果只是要看macrophage數量,直接用FACS
10/23 21:56, 10F
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10/23 22:02, 5年前 , 11F
就好,所以是HFD侷限的改變特定細胞內的基因表現
10/23 22:02, 11F
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10/24 00:21, 5年前 , 12F
所以真的只是看點點跟群聚 我當初還很困惑哈
10/24 00:21, 12F
推
10/29 02:35, 5年前 , 13F
knn 是clustering algo, plot 大概是用tSNE
10/29 02:35, 13F
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