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[求救] 有關public mRNA data數值表示和FC計算

看板Biotech (生命科學)作者 (熱騰騰的泡麵)時間5年前 (2020/02/18 00:06), 編輯推噓2(2推 0噓 27→)
留言29則, 4人參與, 5年前最新討論串1/1
各位好 因最近利用public mRNA microarray 和 sequencing進行 gene expression分析 如fold change 下載 後打開檔案發現均為patient sample, 並無normal group 基因表現為: 樣本一 gene 0.5 樣本二 -0.2 之類 (有300多個樣本) 查了一下應該由log2轉換 想請問如果要計算gene 在tumor 和 normal的 fold change 是不是無法透過log2 轉換後的數值計算出來呢? 還是必須要有normal data才可計算 謝謝! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 61.230.120.133 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1581955583.A.ED8.html
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02/18 02:53, 5年前 , 1F
你這個是 microarray 還是 seq 的資料？如果是 micro，
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02/18 02:53, 5年前 , 2F
那就已經 normalized 過了，如果是 seq，我還真沒看過
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02/18 02:54, 5年前 , 3F
基因表現量會出現負值的 seq data
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seq 的 data 基因表現量會用 RPKM 或 FPKM，這只會是
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正值，所以我假設你那個是 microarray，基於 micro 的
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02/18 02:57, 5年前 , 6F
原理，表現量一定是 sample 和另外一個基準樣品比較得
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02/18 02:58, 5年前 , 7F
到的結果，可能要找找 database 資料提供者的論文看他
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02/18 02:58, 5年前 , 8F
當時是拿什麼樣本當基準
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推
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log(patient) - log(normal) = log(patient/normal)
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不過要注意 normalize 的方式跟 transform 的方式必須
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一致。直接 log tranform expression value 的狀況要
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確認底數是否相同。
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可以拿同一個 batch/study 的 data 就盡量拿同一個，因
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02/18 03:03, 5年前 , 14F
為 batch effect 很難校正。
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02/18 03:04, 5年前 , 15F
如果是 seq 的話注意是 log FC 還是 logTPM/RPKM/FPKM
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謝謝兩位, 目前我查到作者對於data的描述為:Data were
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02/18 20:16, 5年前 , 17F
acquired using the Agilent G2565BA Microarray Scanner
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02/18 20:17, 5年前 , 18F
Probe intensities were normalized using GeneSpring GX
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應該是將tumor sample的mRNA測量值以probe測定, 再和
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02/18 20:19, 5年前 , 20F
reference gene相除得到ratio再取log2值, 負值代表下調,
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02/18 20:19, 5年前 , 21F
正值代表上調。以上是我的理解不知觀念正不正確。
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但因為data並無normal brain組(無control),故即使知道
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A gene上調, 但沒有control可以計算fold change,這樣講對
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嗎?
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推
02/21 08:59, 5年前 , 25F
可以提供GSE的連結嗎？ 我以前有那過這樣的資料分析。
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02/21 08:59, 5年前 , 26F
當時會有區分adjencent and tumor樣本。不過極少，大部
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02/21 08:59, 5年前 , 27F
分可行的是在來源網站中提供生存分析或Grade樣本
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02/21 09:00, 5年前 , 28F
你可以這樣理解，臨床樣本原則上不會有正常人組織，因
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02/21 09:00, 5年前 , 29F
為沒有取樣理由
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