[求救] T4 DNA ligation

看板Biotech (生命科學)作者 (I am who I am)時間4年前 (2020/09/10 02:11), 4年前編輯推噓3(3011)
留言14則, 5人參與, 4年前最新討論串1/1
前提 Vector : pET28b (裡面包含其他東西,總共6019bp),想切除NdeI&BamHI(30bp),再將 insert接入 Insert : 為老鼠基因在pCMV3上(900bp) (restriction cut : NdeI&BamHI ) 小妹我最近在做T4 ligase狀況很多 ........................................................ Vector 在單切NdeI 時會多一條band https://i.imgur.com/5quBTRl.jpg
做完ligations 時,一樣有那條band卻導致位置完全不一樣 預計切完時vector為6000bp , insert 為1000bp 卻在3000時有兩個band....= = Insert卻只有750bp (圖為RE CUT 做確認是否有無接上) https://i.imgur.com/eG3BTM5.jpg
想問看看大家有沒有這樣多問題 NdeI那邊是ghost band嗎? 我已經不知道該怎麼辦了......= = Insert有換了新的primer做還是一樣 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 49.216.167.79 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1599675087.A.EE8.html ※ 編輯: janewu945 (49.216.167.79 臺灣), 09/10/2020 02:13:10

09/10 02:58, 4年前 , 1F
送定序看看
09/10 02:58, 1F

09/10 05:00, 4年前 , 2F
同意vector可能不是你的plasmid...@@ 或者挑single重抽
09/10 05:00, 2F
挑20顆菌的狀況都一模一樣,會有這種狀況嗎......囧 ※ 編輯: janewu945 (49.216.167.79 臺灣), 09/10/2020 09:00:34

09/10 13:38, 4年前 , 3F
pET28b裡面包含其他東西,切RE還是多檢查一下
09/10 13:38, 3F

09/10 13:39, 4年前 , 4F
前面提到insert是切下來的,後面卻說換primer做還是一樣?
09/10 13:39, 4F

09/10 13:40, 4年前 , 5F
還有這是哪一家的RE,是一般的嗎?
09/10 13:40, 5F
Vector裡面已接進去的insert沒有NdeI的切位 restriction enzyme都是跟NEB,是這一月買的。 vector實驗順序 A. re cut 1.NdeI(incubate at 37C for 1hr & heat inactive at 37C for 20min) 2.BamHI (incubate at 37C for 1 hr) B. Gel extraction 再去測濃度完做T4 ligations ※ 編輯: janewu945 (49.216.167.79 臺灣), 09/10/2020 14:11:38

09/10 22:52, 4年前 , 6F
看樣子1.的NdeI切完沒有額外換buffer,就直接加BamHI去切?
09/10 22:52, 6F

09/11 11:07, 4年前 , 7F
從膠圖來看,要不是這個plasmid的純化做的非常非常差
09/11 11:07, 7F

09/11 11:07, 4年前 , 8F
,要不是這根本不是pET28,沒標marker大小不好判斷。
09/11 11:07, 8F

09/11 11:07, 4年前 , 9F
然後以我的經驗,在6000 bp的大小僅僅30 bp的差別跑膠
09/11 11:07, 9F

09/11 11:07, 4年前 , 10F
非常非常難分,可是你的band卻有明顯shift,我會懷疑
09/11 11:07, 10F

09/11 11:07, 4年前 , 11F
你的vector其實是錯的。
09/11 11:07, 11F

09/11 18:52, 4年前 , 12F
NEB的NdeI與BamHI可以用cutsmart buffer同時切吧?應該
09/11 18:52, 12F

09/11 18:52, 4年前 , 13F
不需要分兩次
09/11 18:52, 13F

09/11 18:52, 4年前 , 14F
然後同意只切30bp下來不應該有如此大的shift
09/11 18:52, 14F
文章代碼(AID): #1VMHhFxe (Biotech)
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