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[求救] metagenomic 菌相分析

看板Biotech (生命科學)作者 (foxball)時間3年前 (2021/02/22 11:54), 3年前編輯推噓6(6推 0噓 2→)
留言8則, 4人參與, 3年前最新討論串1/1
小弟為NGS的新手 過去為了分析樣本中的抗藥性基因 已做了whole genome sequence 若想知道樣本中的菌相 是否可用之前的資料去比對資料庫 還是必須再進行16S rRNA gene的NGS才可得知 謝謝大家 ----- Sent from JPTT on my iPhone -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 223.136.133.61 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1613966069.A.0EC.html ※ 編輯: tim01boy (223.136.133.61 臺灣), 02/22/2021 11:59:42
推
02/22 12:30, 3年前 , 1F
直接比對就好啦？
02/22 12:30, 1F
推
02/22 17:36, 3年前 , 2F
分析基因 你做的可能是 metatranscriptomic seq
02/22 17:36, 2F
→
02/22 17:36, 3年前 , 3F
如果能轉成 OTU table 就能看菌相
02/22 17:36, 3F
推
02/22 18:13, 3年前 , 4F
分析抗藥性基因可以不用做metatranscriptome定序的
02/22 18:13, 4F
一時想太複雜 謝謝你 原本在想抗藥性基因的定量 要用16s標準化結果
→
02/22 18:13, 3年前 , 5F
原本的metagenome定序資料足矣
02/22 18:13, 5F
※ 編輯: tim01boy (220.135.48.4 臺灣), 02/22/2021 21:38:49 ※ 編輯: tim01boy (220.135.48.4 臺灣), 02/22/2021 21:39:58
推
02/22 23:22, 3年前 , 6F
https://reurl.cc/1g1dEY 用你的數據+這個工具做就好了
02/22 23:22, 6F
推
02/26 10:40, 3年前 , 7F
感謝 G 大解釋 是用picrust 之類的轉換再看嗎?
02/26 10:40, 7F
推
03/09 23:00, 3年前 , 8F
從WGS裡面輸出每一條16S rRNA就可以知道菌相
03/09 23:00, 8F
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