PTT職涯區 / Biotech (生命科學)

[求救] 第三代定序軟體推薦

看板Biotech (生命科學)作者 (opport)時間3年前 (2021/05/19 09:51), 編輯推噓4(4推 0噓 12→)
留言16則, 5人參與, 最新討論串1/1
小弟我大學生 最近實驗室開始在進行第三代定序的東西 雖然有送樣本去分析 但回來的結果不太知道要怎麼處理 有推薦的軟體嗎 有上過網查過Pacbio的軟體 但好像是用不是windows或是Mac os 所以不太清楚怎麼用 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 42.73.150.147 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1621389062.A.BDC.html
推
05/19 12:22, 3年前 , 1F
你要先說是DNA RNA Meta吧。很多工具可以做三代定序分析
05/19 12:22, 1F
→
05/19 12:29, 3年前 , 2F
分析三代定序資料很簡單啊~
05/19 12:29, 2F
推
05/20 13:29, 3年前 , 3F
terminal
05/20 13:29, 3F
→
05/21 23:30, 3年前 , 4F
看你要做哪種分析跟哪個定序平台。但不論如何，學會L
05/21 23:30, 4F
→
05/21 23:30, 3年前 , 5F
inux會方便很多，很多軟體都只能用Linux
05/21 23:30, 5F
推
05/22 00:00, 3年前 , 6F
也不一定要學Linux,直上docker了啦
05/22 00:00, 6F
→
05/22 16:30, 3年前 , 7F
我有用過meta G分析，但後來再把它分析出來的結果拿去bl
05/22 16:30, 7F
→
05/22 16:30, 3年前 , 8F
ast之後，發現沒辦法比對到，也就是說meta G判讀出來的
05/22 16:30, 8F
→
05/22 16:30, 3年前 , 9F
序列歸類並不是跟NCBI上給的序列一樣
05/22 16:30, 9F
推
05/23 05:41, 3年前 , 10F
這樣的敘述仍有不少發散的步驟，但最有可能問題是NCBI
05/23 05:41, 10F
→
05/23 05:41, 3年前 , 11F
的物種資訊跟metaG用的資料庫不同，你需要確認metaG用
05/23 05:41, 11F
→
05/23 05:41, 3年前 , 12F
的資料庫
05/23 05:41, 12F
→
05/25 17:50, , 13F
由於是比對病毒，所以我用metaG上給的ICTV的病毒資料庫
05/25 17:50, 13F
→
05/25 19:08, , 14F
三代定序資料的前處理很重要
05/25 19:08, 14F
→
05/26 18:00, , 15F
那前處理的部分是要怎麼做
05/26 18:00, 15F
→
06/07 12:23, , 16F
這要看你的三代是哪家的三代囉
06/07 12:23, 16F
‣ 更多 nm768417 的文章
文章代碼(AID): #1Wf6y6lS (Biotech)
Biotech 近期熱門文章
更多 近期熱門文章 >>
PTT職涯區 即時熱門文章
更多 即時熱門文章 >>
‣ 更多 nm768417 的文章
文章代碼(AID): #1Wf6y6lS (Biotech)